癌症被称为人类第一杀手。癌症的发生发展过程涉及多种分子功能和生物学过程,研究与这些分子功能和生物学过程相关的基因表达模式及其相互作用关系,在肿瘤发生途径以及抗肿瘤药物作用机制方面具有重要意义。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi,Histone Deacetylase Inhibitor)可以通过组蛋白去乙酰化酶(HDAC,Histone Deacetylase)活性造成组蛋白乙酰化/去乙酰化失衡,引起染色质重构,进而调控基因的表达,在真核生物细胞的发育、表观遗传基因和基因表达调控等方面发挥重要作用。尤其是,HDACi可选择性诱导癌症细胞凋亡,因而被广泛地用于抗肿瘤药物研究。伏立诺他(Vorinostat/SAHA)是第一个被美国食品药品管理局(FDA)批准的可以用于皮肤T细胞淋巴瘤治疗的HDAC抑制剂。尽管实验证实SAHA可以选择性诱导多种癌症细胞的凋亡,但其凋亡诱导的作用机制尚未完全阐明。本文对SAHA处理的正常人皮肤纤维细胞和转化的人皮肤癌症细胞(癌症细胞)的时序性芯片数据进行分析,采用一种改进的Kruskal-Wallis秩和检验(H-scorere方法)研究SAHA对不同细胞通路内与通路外的基因表达一致性的影响,研究发现SAHA处理使肿瘤细胞中与代谢、有机体组成、细胞周期调控等功能相关的通路内基因表达模式发生变化。通过基因通路分析软件IPA以及差异表达基因功能富集分析,进一步确定SAHA是通过调控DNA损伤修复、细胞周期以及线粒体细胞凋亡等多个信号转导通路诱导细胞的凋亡。最后,本文预测分析了SAHA作用的主要靶标(或通路)以及这些靶标(或通路)间的相互作用关系。