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国兰是中国传统名花，其香味被称为国香，几乎包含了所有花卉的香型，花型、花色和叶型都有洋兰及其它花卉不可超越的特色和优点，具有得天独厚的优势，深受国人喜爱。为了研究国兰种间及种内不同种质的遗传多样性，为国兰有性杂交、种质早期选择及育种研究提供一定的理论依据，本文利用形态学标记和分子标记两种方法对国兰表型多样性和SCoT标记多样性进行了研究和探讨。对163盆国兰的42项表型性状进行了观测和分析；对83盆国兰进行了SCoT分子标记研究，主要结论如下：（1）国兰的遗传多样性极为丰富，形态学标记和分子标记都表现出较高的遗传多样性，总体的遗传多样性主要分布于种间。国兰数量性状离散程度较大，变异系数较大，多样性丰富；多数质量性状多样性丰富程度较高；国兰的各种质的遗传相似系数均在0.3836-0.9178之间，遗传多样性指数在为0.3764，香农指数为0.5551，遗传多样性丰富程度较高。（2）6个国兰种的遗传多样性丰富程度的差异不大，表型性状和SCoT分子标记结果都显示国兰种间的遗传多样性丰富程度的差异不大。国兰各种的数量性状的平均变异系数在14.24%-20.31%之间；遗传多样性指数在0.2185-0.2897之间，香农指数在0.3239-0.4243之间。（3）国兰基于表型性状的聚类结果与SCoT聚类结果有一定差异。基于表型性状，墨兰、蕙兰和寒兰被聚为一类，春兰、春剑和莲瓣兰被聚为一类；基于SCoT标记，春剑和春兰被聚为一类，蕙兰、莲瓣兰及寒兰被聚为一类，墨兰被单独聚为一类。基于表型性状的聚类结果显示春兰、春剑及莲瓣兰亲缘关系较近。SCoT聚类结果显示春剑和春兰亲缘关系最近；莲瓣兰与寒兰亲缘关系最近，与春兰和春剑表现出较远的亲缘关系。（4）适用于国兰SCoT-PCR的最优反应体系为：2μL10×Buffer、1.6μL Mg2+（25mmol/L）、2.5μL DNA（20ng/μL）、1μL引物（10μmol/L）、0.4μL dNTP Mixtures（10mmol/L）、12.5μL ddH2O，总体积为20μL；最佳退火温度为51℃。（5）国兰SCoT-PCR分子标记的特异性较强，可以为国兰遗传多样性的分析提供技术基础。成功实现了对83份国兰种质的遗传遗传多样性分析，共得到3486个遗传相似系数，所有国兰的遗传相似系数均在0.3836-0.9178之间，实现了对试验材料的遗传相似性定量分析。