中国乡村社会村庄的分散分布，使政府的各职能部门的管理和服务在乡村普遍存在边缘化的现象。长时期以来，村委会主要是协助乡镇政府进行乡村治理。20世纪80年代开始，村委会被赋予法定的自治地位，村民自治开始推行。随着村委会法定行政功能的取消，加之近几年乡镇政府职能的弱化以及税费的取消，村级自治呈现了明显的困境。如何走出村民自治集体行动的困境，发掘村民自治的自治活力成为摆在政策研究部门及学术界面前的一项重大而现实的课题。 本文以X县果园（行政）村及所属的杨楼自然村开展自治的状况为背景材料，描述了税费取消后村级自治更显困境的背景下，以自然村规模为单元独立开展自治事务的过程，着重分析了自然村独立开展自治事务的运行过程和行动特征，比较（行政）村规模和自然村规模的自治单元开展自治事务的不同及相关条件，进而对其中的原因进行了揭示。文章认为，两者由于自治单元规模选择不同而导致绩效明显不同的反差说明，村级自治困境不完全是财政体制和法律法规不健全导致的，村民自治困境与村民自治规模的选择有很大的相关性。村民自治规模的选择不当（过大或过小）也会导致自治困境。只有适度的村民自治规模才能有效推动村民自治。在当前村民自治条件下，果园（行政）村由于规模过大不能有效开展自治，形成困境；但杨楼自然村却由于选择了合适的规模－以自然村规模为单元开展村民自治，使其呈现了明显的村民自治活力。 在上述分析的基础上，本文探讨了自然村规模的村民自治呈现的自治活力特点，对具有合理性和可操作性的村民自治规模以及自然村规模的自治过程中呈现的制度的贫困和管理的缺位也进行了更进一步的探讨、研究。最后提出了要充分考虑到自然和社会环境的地区差异，选择适度的村民自治规模，尊重有利于推动村民自治的行动单位的自我选择，加快有利于推动村民自治的制度创新。