伊斯兰教传入新疆,无论是在中亚还是新疆历史上,都是一个意义十分重大的历史事件。从10世纪到16世纪初经过两次较大规模的传播,第一次是10世纪初至11世纪中叶,即喀喇汗朝时期初传阶段,第二次是14纪中叶到16世纪初,东察合台汗国时期在蒙古后王大力推导下的发展阶段,而在这个阶段,不仅是伊斯兰教重要发展的时期,而且是汗国内部的经济形态和社会结构重新组合发生重大变化的时期。因地理环境的变迁,蒙古传统封建游牧制度逐渐趋向绿洲农牧城市商业社会,使生活文化产生截然不同的改观。与此同时,社会分化日益加剧,随着伊斯兰教独尊地位之确立,和卓的干政,佛教的衰落等社会根源,使得这一时期的政治,经济,文化皆呈现出浓厚的宗教色彩。公元14世纪中叶东察合台汗国的建立就是察合台汗国衰落分裂的结果,在此期间,随着大批统治阶级上层蒙古贵族皈依伊斯兰教,对于宗教格局以及政权的转变皆有很大的影响。当东察合台汗国内地方贵族势力强大到威胁汗权行使时,宗教势力成为制衡威胁的力量,这种“借力使力”策略成为东察合台汗打击旧势力的惯用模式。伊斯兰教在东察合台汗国内的发展,所蕴含最深远的意义不外乎是和卓家族的形成与伊斯兰教的本土化与地方化。宗教力量的勃兴与寺院经济累积及信仰中心的强化有密切的关系,而东察合台汗积极推动伊斯兰教的政策则有加乘的效果,所以政治与宗教的结合可以使政权振衰起弊,转危为安,宗教则在政权的护航下波澜壮阔,根植人心。在意识形态领域中,东察合台汗国时期是我国西北地区各民族分化、聚合的重要时期,各民族在长期的交往中不断地相互交流、融合,促进了汗国经济文化的发展,随着蒙兀儿人改信伊斯兰教并从游牧转向定居,汗国内部的生产、生活方式也有了一定程度的变化。另外,这一时期也是我国新疆地区文化艺术发展史上的重要阶段,涌现出的大批文化艺术成果是各民族文化交流融合的结晶,其文化艺术的进步发展,不但促进了蒙古人的伊斯兰化进程,更为维吾尔、哈萨克、柯尔克孜等民族的形成奠定了文化艺术的基础。