2006年我国股市取得较为可喜的成绩，显示出了良好的发展势头，一方面使中小股民对股市恢复了一定的信心，有可能成为预示中国证券市场真正走向成熟的一道曙光，另一方面，在中国股市逐渐与国际接轨，市场竞争趋于公正公平的同时，上市公司的破产现象将会不可避免得到来。然而，与大股东相比，中小股东在利益享受与风险承担方面有很大的不同，在信息获取程度方面有很大的信息不对称性，受到了市场内外和公司内外不同主体的多重侵害，导致权利与义务不平衡和收益与风险不对称。因此，如何在上市公司破产过程中保护作为最弱势方的中小股东的权益问题便突显了出来。以英美为例的成熟股市都是以中小股东的权益作为最终甚至是唯一的保护对象的，这也是股市能够长久续存，稳定发展的基石。而在我国，尽管到目前为止，中国股市还没有出现第一家真正意义上破产的上市公司，但是进入破产程序的上市公司已有很多，在这些公司的退市过程中，中小股东权益受侵害的现象屡见不鲜，这将成为制约是我国股市趋于完善的瓶颈所在。本文首先在综述部分分析了新制定的公司法、证券法、破产法对中小股东保护的法律支持与不足之处，然后论述了我国中小股东权益受到侵害的现状，接着从动态博弈的角度，分析了在公司破产过程中的中小股东与其他利益相关者的行为关系，给予了控股股东侵害小股东应得利益的理论机理，为进一步完善小股东的权益保护提供理论支持；接着结合典型案例，在比较中探究我国中小股东权益受侵害的深层原因及有待完善的制度缺陷，最后在如何避免中小股东在上市公司的破产过程中应得利益受到侵害方面根据分析结果建立了上市公司破产中的中小股东权益保护模型，针对新的经济条件下我国的实际情况，提出了具有实践意义的改进措施，试图在一定程度上防止上市公司破产过程中中小股东权益遭到严重侵害的恶性事件发生。