苦瓜（Momordica charantia L.）属于葫芦科（Cucurbitaeae）一年生藤本蔬菜,主要起源于非洲和亚洲的热带地区,目前在我国各地均有栽培,其中以广东、广西、海南、福建、台湾、湖南、四川等省份较为普遍。随着苦瓜的药用价值和保健功能逐渐被挖掘,苦瓜消费和栽培面积也在不断增加。近年来,市场上的苦瓜商业品种不断增多,同时品种资源也日趋混乱。因此,从分子水平角度对苦瓜商业品种种质资源进行遗传多样性研究分析,有利于了解商业品种种质资源的遗传分类和亲缘关系。基因组中存在大量的简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）,SSR分子标记具有数目多、多态性高、共显性遗传等特点。苦瓜全基因组中的SSR标记开发已经完成,但全面的转录组SSR标记开发尚未报道。本研究基于苦瓜‘Dali-11’的转录组测序数据开发了一批苦瓜特异的转录组SSR引物。对133份苦瓜商业品种材料进行了RAD（restriction site associated DNA）测序,基于SNP分型数据分析了苦瓜133份商业品种材料的遗传多样性并对苦瓜种皮颜色性状进行了全基因组关联分析（Genome wide association study,GWAS）。取得主要研究结果如下:1.苦瓜转录组中SSR的分布对测序获得的苦瓜59,740条Unigene（序列总长约81,511,284 bp）进行SSR位点搜索,共识别出31,066个SSR基序位点,SSR的出现频率达到52.00%,含有SSR位点的序列有19,335个,发生频率为32.37%。2.苦瓜转录组的SSR分子标记的开发通过对识别的苦瓜SSR基序位点进行引物设计并对引物序列进行特异性比对,一共获得了9,135对苦瓜特异SSR引物。选择MC00（未组装到染色体的苦瓜基因组序列）上的232对特异SSR引物并利用‘谭边大顶’和‘华艺320’两个苦瓜品种进行PCR扩增性验证。结果显示,94.40%的设计引物具有扩增有效性;232对特异SSR引物在‘谭边大顶’和‘华艺320’两个品种之间的多态率为13.36%。3.苦瓜商品种群体遗传多样性分析利用RAD测序技术对133份苦瓜商业品种材料进行SNP基因分型,经数据过滤后总共获得59,527个SNP。基于该基因型数据,构建了133份苦瓜商业品种材料的群体结构structure图和系统发育NJ树,两者结果都表明大顶苦瓜材料被分为相对独立的一个分支,珍珠苦瓜和油苦瓜材料比较混杂因而没有明显的群体结构。在苦瓜商业品种材料中,遗传多样性关系表明珍珠苦瓜的遗传多样性程度最高,大顶苦瓜遗传多样性程度最低;大顶苦瓜与油苦瓜的遗传分化程度最高,油苦瓜与珍珠苦瓜遗传分化程度最低。4.苦瓜种皮颜色性状的全基因组关联分析利用RAD测序获得的基因型数据结合调查的各品种种皮颜色表型数据,对133份苦瓜商品种材料的种皮颜色性状进行全基因组关联分析,结果显示在MC03号染色体上定位到一个显著关联的位点,候选区间范围为MC03号染色体14.8～15.0 Mb（约200 kb）,区间包含25个候选基因。