改革开放以来,随着市场经济制度的建立,我国经济持续高速发展,取得了瞩目的成就。伴随着经济的发展,我国政府审计也取得了巨大的进步,人民对政府审计的要求也随之变化,从以前简单的合法合规审计,到逐渐关注效率效果,对实施绩效审计的要求越来越高,促使着政府审计的内容越来越多,范围也越来越大。其中最重要的领域之一就是政府投资项目,涉及百姓生活的方方面面,交通、环境、医疗、教育等领域的投资对社会有着巨大的影响,公众监督意识也与日俱增,在这种形势下对政府投资项目进行绩效审计尤为重要,但由于历史等很多原因,绩效审计在我国政府审计实施过程中存在许多的压力和问题,对其进行研究在理论和实践上都具有重大意义。本文利用文献研究法,检索国内外文献,对国内的绩效审计理论和实践发展情况进行了论述。随着对我国政府投资项目绩效审计的现状进行了探讨,并总结目前存在的问题及原因,包括缺乏评价标准、法律法规不完善等问题,随后基于平衡计分卡理论针对本文研究的水资源环境治理政府投资项目构建了评价指标体系,从财务效益维度、社会、控制管理、学习与发展四个维度出发建立若干具体指标,采用层次分析法（AHP）进行权重的分配,并辅以具体评分标准对S市水资源环境治理项目进行综合绩效评价。然后分析在绩效审计过程中发现的问题,从审计报告以及其他政府公开资料当中寻找信息,分析探寻其原因,最后得出结论,并在完善法律法规、创新审计方法等角度提出解决思路和对策。总的来说,我国绩效审计的发展的程度还不能适应时代的发展,绩效审计在政府审计中的重要性应当得到加强,学习更多经验和更科学的审计方法,完善法律法规制度,健全评价体系和标准,才能使得绩效审计能够与公众需求相匹配,促进绩效审计工作的持续健康发展。