非法证据排除制度始创于美国。作为平衡保障人权与打击犯罪之间的规则,其根本宗旨在于救济公民基本权利。我国传统司法制度具有重实体、轻程序的倾向,这给我国的司法实践带来了不少隐患。长期以来,我国在刑事司法领域一直侧重打击犯罪,忽视人权保障。非法证据排除规则自实施以来,在保障犯罪嫌疑人人权、遏制非法取证方面起到了一定的作用,但在我国检察机关的自侦案件中,非法证据排除规则的运用效果并不是十分明显,究其原因,主要还是因为我国刑事司法理念的落后和制度设计的缺陷造成的。检察机关自侦案件非法证据排除规则启动程序难,自身侦查和监督职权的交叉再加上纪检程序和司法程序对接机制欠缺等制度设计的缺失导致了非法证据排除规则在检察机关自侦案件中的运用无法得到有效保障。检察机关自侦案件排除非法证据的难点在于排除非法证据的机制完善,而自侦案件排除非法证据机制的完善又必须基于理论基础和司法实践。本文从检察机关自侦案件排除非法证据存在的问题着手进行分析,以相关理论作为解决问题的逻辑支撑和法理基础,进而提出解决自侦案件排除非法证据相关问题的建议。