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河南作为养殖大省，养猪业更是位列全国前三甲，是畜牧经济的支柱产业。随着养猪规模逐渐扩大，猪场疾病的发生概率大大增加，寄生虫病流行特点也发生变化:生物源性寄生虫逐渐减少，而导致腹泻的肠道原虫如猪囊等孢球虫日益增多。为了解规模化猪场肠道寄生虫感染情况，对我省安阳市、鹤壁市、新乡市、许昌市、漯河市、洛阳市、驻马店市、信阳市8个地区的10个规模化猪场分别采集粪样，采用离心沉淀法、卢戈氏碘液染色法和饱和蔗糖水漂浮法对共计817份猪粪便样品用光学显微镜进行了肠道寄生虫检测。结果显示寄生虫总感染率为24.97％(204/817)共检测出6种寄生虫即球虫、隐孢子虫、阿米巴原虫、圆线虫、毛首线虫、蛔虫感染率分别为20.81％(170/817)、0.73％(6/817)、3.18％(26/817)、1.22％(10/817)、0.49％(4/817)和0.24％(2/817)，其中球虫和阿米巴为优势虫种。安阳市、鹤壁市、新乡市、许昌市、漯河市、驻马店市、洛阳1场、洛阳2场、信阳1场、信阳2场共8个地市10个规模化猪场的肠道寄生虫总感染率分别为49.10％(27/55)、5.88％(2/34)、58.76％(57/97)、33.33％(52/156)、32.65％(16/49)、22.64％(12/53)、4.95％(10/202)、15.69％(8/5)、20.00％(12/60)、13.33％(8/60)。
随后利用分子生物学手段(PCR)对猪囊等孢球虫、隐孢子虫和芽囊原虫基于SSU rRNA基因，对毕氏肠微孢子虫基于核糖体RNA内部转录间隔区(internal transcribed spacer，ITS)基因进行了分子流行病学的检测。结果如下:猪囊等孢球虫，隐孢予虫，芽囊原虫以及毕氏肠微孢子虫的感染率分别为13.10％(107/817)、1.47％(12/817)、10.77％(88/817)、10.16％(83/817)。不同地区规模化猪场四种肠道原虫的感染率存在一定的差异，本研究中在8个地区均检测到猪囊等孢球虫，其中新乡市最高(42.27％)。本次检测中检测安阳市隐孢子虫的感染率最高(5.45％)，芽囊原虫仅在新乡市和许昌市检测到，感染率分别为1.03％和55.77％。毕氏肠微孢子虫总感染为10.1％，其中驻马店感染率最高(20.75％)。
猪囊等孢球虫经PCR扩增和凝胶电泳结果显示，共107份样品扩增出目的条带，随机挑取50份阳性样品测序并进行序列比对发现:送检样品序列一敛，与囊等孢球虫同源性99.8％。基于SSU rRN基因鉴定，共发现12个隐孢子虫阳性，PCR阳性产物经测序、比对鉴定为C.scrofarum(n=5)和C.suis(n=7)。其中C.suis仅在在断奶仔猪和保育猪中发现，C.scrofarum在大于60日龄的育肥猪感染较普遍。基于SSU rRNA基因扩增芽囊原虫，共扩增出9份阳性样品，经进化树分析鉴定为ST5亚型，表明本研究检测的芽囊原虫具有重要的人兽共患性。
本研究基于ITS间隔区对毕氏肠微孢子虫扩增，共发现83份毕氏肠微孢子虫阳性，经序列比对和进化树分析，共发现20个基因型，其中16个为已报道过的基因即EbpA、EbpC、EbpD、CHG1、CHG19、CGC1、EBPOM、Henan-1、pigEb4、pigEb12、pigEb14、EBITS4、EBITS7、CHS7、CHS12、K和四个新基因型:CHP1(n=1)、CHP2(n=1)、CHP3(n=1)、CHP4(n=1)。四个新基因型均与已报道的基因型存在一个碱基差异。目前，四个新基因型已提交至GenBank，登录号如下:MK705932、MK705933、MK705934、MK705935。
本研究对河南省8个地市10个规模化猪场的肠道寄生虫进行了调查研究，并对猪囊等孢球虫，隐孢子虫，芽囊原虫以及毕氏肠微孢子虫进行了系统发育分析及其遗传多样性进行了系统评估。研究结果为猪场寄生虫病防控提供依据，表明防控猪寄生虫病不但有重要经济价值还有重要的公共卫生意义。
随后利用分子生物学手段(PCR)对猪囊等孢球虫、隐孢子虫和芽囊原虫基于SSU rRNA基因，对毕氏肠微孢子虫基于核糖体RNA内部转录间隔区(internal transcribed spacer，ITS)基因进行了分子流行病学的检测。结果如下:猪囊等孢球虫，隐孢予虫，芽囊原虫以及毕氏肠微孢子虫的感染率分别为13.10％(107/817)、1.47％(12/817)、10.77％(88/817)、10.16％(83/817)。不同地区规模化猪场四种肠道原虫的感染率存在一定的差异，本研究中在8个地区均检测到猪囊等孢球虫，其中新乡市最高(42.27％)。本次检测中检测安阳市隐孢子虫的感染率最高(5.45％)，芽囊原虫仅在新乡市和许昌市检测到，感染率分别为1.03％和55.77％。毕氏肠微孢子虫总感染为10.1％，其中驻马店感染率最高(20.75％)。
猪囊等孢球虫经PCR扩增和凝胶电泳结果显示，共107份样品扩增出目的条带，随机挑取50份阳性样品测序并进行序列比对发现:送检样品序列一敛，与囊等孢球虫同源性99.8％。基于SSU rRN基因鉴定，共发现12个隐孢子虫阳性，PCR阳性产物经测序、比对鉴定为C.scrofarum(n=5)和C.suis(n=7)。其中C.suis仅在在断奶仔猪和保育猪中发现，C.scrofarum在大于60日龄的育肥猪感染较普遍。基于SSU rRNA基因扩增芽囊原虫，共扩增出9份阳性样品，经进化树分析鉴定为ST5亚型，表明本研究检测的芽囊原虫具有重要的人兽共患性。
本研究基于ITS间隔区对毕氏肠微孢子虫扩增，共发现83份毕氏肠微孢子虫阳性，经序列比对和进化树分析，共发现20个基因型，其中16个为已报道过的基因即EbpA、EbpC、EbpD、CHG1、CHG19、CGC1、EBPOM、Henan-1、pigEb4、pigEb12、pigEb14、EBITS4、EBITS7、CHS7、CHS12、K和四个新基因型:CHP1(n=1)、CHP2(n=1)、CHP3(n=1)、CHP4(n=1)。四个新基因型均与已报道的基因型存在一个碱基差异。目前，四个新基因型已提交至GenBank，登录号如下:MK705932、MK705933、MK705934、MK705935。
本研究对河南省8个地市10个规模化猪场的肠道寄生虫进行了调查研究，并对猪囊等孢球虫，隐孢子虫，芽囊原虫以及毕氏肠微孢子虫进行了系统发育分析及其遗传多样性进行了系统评估。研究结果为猪场寄生虫病防控提供依据，表明防控猪寄生虫病不但有重要经济价值还有重要的公共卫生意义。