澜沧江是云南境内的主要河流，水能资源丰富，已成为我国水能资源开发的重要河流。目前澜沧江干流已有漫湾、大朝山、糯扎渡、景洪、小湾、功果桥等水电站建成。　　 澜沧江鱼类多样性高，根据本文的统计，共有鱼类185种，隶属于10目29科103属，其中土著鱼类165种。澜沧江鱼类特有类群多，区系成分复杂。同时，由于其生存环境的限制以及对环境适应的结果，澜沧江鱼类又具有种群小、分布区域狭窄的特征。这为鱼类的研究以及开发利用提供了条件，但对鱼类的保护也提出了挑战。近年来，随着大湄公河次区域合作(GMS)的不断深入，特别是流域内水电工程的建设，维护流域水域生态系统，以及鱼类资源的可持续利用成为流域国家或国际社会所关注的焦点。　　 通过对功果桥水电站、小湾水电站、景洪水电站的考察可看出，澜沧江干流水电站建设对鱼类的影响如下:　　 1)、中上游在建的功果桥水电站，由于电站还在建设期间，电站建设对该江段的鱼类种类、种群数量、分布等的影响相对较小。在建设期间，除坝址等建设区段外，其余的河道状况大致不变，干流江段仍然湍急，对土著鱼类的影响也相对较小。　　 2)、中游已建成的小湾水电站，4个采集点的鱼类呈现如下变化:土著种中适应于流水环境的种类逐渐减少或消失，一些小型种类在坝下、支流汇入口处等流水环境还有分布，但种群数量已经很小。电站蓄水，原有的急流变为静水，一些外来种适应静水环境的种类(包括引入养殖种)在库区迅速繁衍起来。库区鱼类区系出现演替。　　 3)、下游已建成的景洪水电站，在鱼类种类丰富的下游江段，电站建设对鱼类多样性的影响较大，出现鱼类种类大幅下降的状态。　　 通过对其中8种鱼类的部分基因片段序列测定，与基因库、文献资料进行比对，然后进行分析，可看出，在每种鱼类中，这部分基因片段序列没有发现有显著差异。但从巨魾Bagariusyarrelli、中国结鱼Torsinensis的mtDNAD-loop区序列可看出其种群内的多样性较丰富，具有一定的种群分化。对后背鲈鲤Percocyprisretrodorslis、澜沧裂腹鱼Schizothoraxlantsangensis、灰裂腹鱼Schizothoraxgriseus、云南平鳅Homalopterayunnanensis、德钦纹胸鮡Glyptothoraxdeqinensis和无斑褶鮡PseudechenesiimmaculatusmtDNACytb基因的分析表明，后背鲈鲤Percocyprisretrodorslis种群内多样性单一，其他5种鱼类种群内的多样性不一，但总体说来都较丰富。据此推断，澜沧江鱼类种内多样性应该较为丰富，对其应采取多江段、多方式的保护措施。后背鲈鲤Percocyprisretrodorslis、云南平鳅Homalopterayunnanensis、无斑褶鮡Pseudecheneisimmaculatus的mtDNACytb基因及中国结鱼Torsinensis的mtDNAD-loop基因测定为首次报道。　　 我们的研究表明，水电站建设改变了江河的水域环境，对澜沧江鱼类造成的影响最大。作为补救措施，本文提出了加强支流及电站库区库尾回水区的土著鱼类保护，建立鱼类保护区和鱼类保护站等保护建议。