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恒河猴(Rhesus Macaque),在中国根据其地理位置分布可将其分为西藏亚种、指名亚种、川西亚种、福建亚种、海南亚种和华北亚种。由于组织结构、生理代谢和免疫组织与人类高度相似,因此恒河猴是人类医学研究常用的模式动物。本实验主要使用常规PCR和克隆测序技术,对不同海拔地区恒河猴亚种的全线粒体基因组以及恒河猴群体的线粒体DNA控制区和MHC基因多态性分析,主要包括以下几个方面的工作:1)恒河猴亚种线粒体基因长度为16561bp～16565bp,由37个基因(13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和22个转运基因)和一个非编码区组成。与其他脊椎动物一致,恒河猴线粒体基因组结构是一个典型闭合环状双链DNA分子。37个基因中除NADH6基因和8个转运RNA基因编码在轻链外,其他基因都编码在重链。tRNASer(AGY)基因缺失D环而不能形成三叶草结构。恒河猴亚种的线粒体控制区长度为1078～1087bp,主要包含中央保守区(CD),2个扩展终止结合序列区(ETAS1和ETAS2)以及3个保守区(CSB1、CSB2和CSB3)等各种元件。基于13个蛋白编码基因计算恒河猴亚种间的非同义替换率和同义替换率(Ka、Ks、Ka/Ks),结果表明:海南亚种与其他四个亚种的NADH6基因Ka/Ks值差异极显著(P<0.001),海南亚种NADH6基因进化过程中积累了相对较多的非同义突变。2)恒河猴群体(西藏、石宝山、九龙、黔灵山、南湾猴岛和五龙口)线粒体DNA控制区216条序列定义了 21个单倍型。根据单倍型来计算恒河猴群体的遗传多样性:五龙口恒河猴群体Tajima’sD检测值为-2.533,偏离中性突变,达到显著水平(P<0.05),表明此群体可能经历过历史群体扩张;恒河猴群体间的遗传距离,遗传分化系数以及基因流都呈现出与恒河猴地理位置有一定的相关性。基于单倍型构建的系统发育树和NetWork中介网络图表明,来自不同地理位置的恒河猴群体单倍型均按照地理位置距离相对聚集在一起。3)克隆测得恒河猴群体(西藏、石宝山、黔灵山、南湾猴岛和五龙口)372条Mamu-DPB1等位基因外显子2,定义了 26条有效等位基因,有9条已经被报导过,其中17条为新的等位基因。Mamu-DPB1基因外显子2的全部位点、抗原结合位点(ABS)位点和非抗原结合位点(Non-ABS)位点dN/dS值小于1,差异不显著(P>0.05),说明恒河猴群体的Mamu-DPB1基因外显子2总体上存在纯净化选择作用。“随机-位点”模型检测出恒河猴群体Mamu-DPB1*21:02等位基因存在2个正向选择位点(6R、60N),后验概率小于0.01。Mamu-DPB1等位基因系统进化树显示:Mamu-DPB1*01:17、Mamu-DPB1*06和Mamu-DPB1*01:11等位基因存在着跨物种多态现象,本研究检测到的12个新的等位基因单独成为一个大分支,猜测这些新的等位基因可能是恒河猴群体中一个新的DPB1*等位基因谱系。