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辣椒(Capsicum spp.L,2n=24)属茄科,辣椒属,是世界性的蔬菜和加工调味品,现已为我国第二大蔬菜作物。来源于DNA转录区域的EST (Expressed sequence tag,表达序列标签)可直接反映群体中相关基因的多样性。蔬菜作物尤其是辣椒在EST数据库应用上相对薄弱,而随着测序技术和生物信息学的快速发展,利用生物信息学手段对辣椒ESTs进行大规模分析显得日益重要。本论文对116,952条辣椒EST序列进行生物信息学分析,开发新标记,并对其进行功能注释,在此基础上对辣椒种质遗传多样性进行了分析,以及对辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因相关的分子标记进行了筛选,以期为加密辣椒遗传图谱、分子进化、发掘新基因以及基因定位奠定基础。具体研究结果如下：1、辣椒EST-SSR标记开发和功能注释为了在辣椒开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学方法对从NCBI数据库获得的116,952条辣椒EST序列进行EST-SSR特征分析。通过软件除去冗余序列后得到86,496条非冗余序列,利用SSRLoctor软件对其进行分析,共发现1,736个微卫星分布于1,658条EST序列中,EST-SSR序列出现频率为1.92%,其中64条EST序列含有多个SSR位点。在辣椒EST-SSR中,二核苷酸重复类型出现频率最高,占SSR总数的56.4%,其次是三核苷酸重复类型,占23.3%。共检测到149种基序重复类型,重复基序出现频率最高的为GA/TC,占23.3%,AG/CT其次,占17.0%。1658条EST序列中有810条可用于引物设计,功能注释分析后发现其中的426条可以被划分为三大功能类,结果表明具有生物进程、细胞组成和分子功能的EST序列分别为297、271和316条,在Level2上,功能注释结果可分成30个亚类。这426条序列功能注释时,单条EST序列可能同时被注释有多种功能。2、EST-SSR的辣椒遗传多样性分析从设计的810对EST-SSR引物中随机选择100对引物对17份辣椒材料进行遗传多样性分析。结果表明：80对EST-SSR引物能够得到有效扩增,其中46对引物表现多态性扩增,多态性频率达57.5%。每对引物检测到等位基因数1-3个,平均1.9个经由NTSYS2.10软件根据材料间的遗传相似系数,按UPGMA进行聚类分析,在相似系数为0.718时,将供试的17份辣椒材料分为6个亚类,产地来源相同的辣椒材料基本聚集在一起,从而表明开发的EST-SSR进行辣椒种质资源遗传多样性分析是可行的,并将这些材料进一步分类、保存和利用提供了理论依据。3、辣椒抗黄瓜花叶病毒(CMV) EST-SSR分子标记筛选以抗、感CMV材料VC16a和SS69及其F2抗、感基因池为材料,利用80对辣椒EST-SSR引物对其进行抗CMV基因的分子标记筛选,其中52对引物能够产生预期片段,有效扩增率达65.0%,扩增的主条带数为1-5条,引物Y6在抗、感基因池中扩增出158bp的多态性片段,命名为Y6158,经F2单株验证、分析后表明Y6158与辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因连锁,其遗传距离是22.4cM。