我国拥有丰富的地方猪种资源,对地方猪种种质特性系统开展表型组学、基因组学研究已经成为当前猪遗传育种研究的重要内容。利用现代基因组学技术构建遗传特异性遗传标签和个体基因身份证,对于地方猪种的保护和开发具有十分重要的意义。一方面可以在保种过程中维护资源的纯度,另一方面可开发形成地方土猪肉的基因追踪溯源质量保证体系。传统的基于条形码、无线射频技术等的猪肉食品安全追溯技术,很难对从田间到餐桌的猪肉生产、屠宰、加工零售等完全实现精确而可靠的追溯。本研究拟利用基于全基因组高密度芯片技术,构建地方猪种的特异性遗传标签,并对最精简的特异性遗传标签集合进行准确性验证。本研究对35个中外地方品种(中国地方猪种29个,培育品种2个,西方商品品种4个),共2856头猪,进行60K芯片扫描判型。分析了中国地方猪种和西方猪种的遗传距离、分化和群体结构,发现部分中国地方猪种可能混有西方猪种的血缘。利用全基因组关联分析的case-control方法筛选出品种特异遗传位点,再结合主成份分析和邻近法进化树相互印证,构建了四组高质量的品种特异性遗传标签组合并进行了验证:(1)中国地方猪种(28个品种)的品种特异性遗传标签为80个特异SNP位点的集合,准确率达到100%;(2)二花脸猪的品种特异性遗传标签集合,包含100个特异SNP位点,准确率达到100%;(3)莱芜猪的品种特异性遗传标签集合为100个特异SNP位点,准确率达到100%;(4)苏太猪的品种特异性遗传标签集合,包含120个特异SNP位点,准确率达到99.9%。本研究所构建的品种特异性遗传标签可以准确的用于猪只个体及其猪肉产品的品种鉴别,为猪肉产品的追踪溯源奠定了坚实的技术基础,对我国地方猪种的品种保护和开发提供了新的技术支撑。