本文采用国家林业局发布的《自然保护区自然生态质量评价技术规程》LY/T1813-2009标准中的自然性、多样性等7项指标对五鹿山国家级自然保护区自然生态质量进行评价，应用IUCN/SSC进行生境和生态系统的划分，生态位理论来量化生态系统的稳定性，结果表明：1、物种多度为极丰，区内高等植物占山西省的40%，物种的相对丰度为丰。自然保护区生物系统类型丰富。拥有IUCN/SSC一级生境类型5个，生态系统类型11个。其中自然生态系统7个，人工生态系统4个。2、五鹿山是褐马鸡中部种群分布的最南端，辽东栎林是我国分布西部最边缘。典型性属保护对象在全国范围或生物地理区内具有突出代表意义。3、保护区内有国家Ⅰ级重点保护动物6种，Ⅱ级重点保护动物27种；国家Ⅱ级保护野生植物3种，国家Ⅲ级重点保护野生植物8种。列入濒危野生动植物国际贸易公约（CITES）附录Ⅰ中的哺乳动物1种，列入附录Ⅱ的哺乳动物3种。4、保护区区内生境基本完好，核心区未受人为干扰，缓冲区侵扰或保护较少，自然生境基本完好。5、保护区内天然林面积占自然保护区面积较高为49.68%。6、保护区属森林类中型自然保护区，核心区面积占总面积的39%，大小适宜，足以维持生态系统的结构和功能，能有效保护全部保护对象。7、生态位理论能较好的解释群落的稳定性，乔木层中辽东栎生态位宽度最高，其次为油松和白皮松，灌木层中黄刺玫生态位宽度最高，其次为水栒子和陕西荚蒾。种群的生态位越高，群落的稳定性就越高。乔木层和灌木层中生态位重叠值为0达到了8%、20%，种间竞争较小，生态位重叠并不高。表明五鹿山地区经过长期的人工管理、天然恢复、竞争和适应，有些物种生态位明显的趋于特化，生态系统处于顶级状态，结构完整合理，较稳定，生态系统原有的品质能够得到恢复。8、保护区内人为干扰较少，主要表现在附近村民、游人对保护区侵扰。保护区周边干扰较强，主要为居民点、工矿企业和公路。工矿企业井田面积都包含了自然保护区的实验区和缓冲区，公路从保护区的北部边界经过。五鹿山国家级自然保护区自然生态质量评价结果得分为58.3分，保护区等级为Ⅲ级，自然生态质量为一般。