根瘤菌T3F4氧化硒的差异蛋白质组分析和类诺卡氏菌属的新种鉴定

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微生物参与的硒氧化是硒元素生物地球化学循环的重要环节,也是植物吸收利用硒元素的关键。但相关研究较少,特别是硒氧化的机制尚不清楚。本研究以前期获得的一株新的硒氧化细菌Rhizobium sp.T3F4为研究对象,旨在探究其氧化硒的分子机制。该菌株能氧化化学单质硒Se(0)和生物纳米硒(Se NPs)生成Se(IV)。在添加0.1 g/L Se(0)的1/5 LB液体培养5 d后的Se(IV)浓度可达到0.6μmol/L。在探究硒氧化的影响因素时,添加Se(0)(0.1-0.5 g/L),溶液中Se(IV)含量均呈现先降后升的趋势;添加Na2S后菌株T3F4对Se(0)的氧化表型可提高100倍。通过对其基因组的分析,发现菌株T3F4具有完整的硒同化代谢途径,Se(IV)含量的先期下降与其同化利用有关。为探究菌株T3F4氧化硒的分子机理,对其进行了差异蛋白质组的i TRAQ定量分析。通过蛋白质组Pathway富集分析和GO富集分析,最终获得了和氧化还原相关的候选差异蛋白,用于后续的氧化表型检测和分子机理探究。其次,分离出的类诺卡氏菌属(Nocardioides)菌株x-2T为疑似新发现种。通过16S r RNA序列比较分析,相似性最高的菌株有N.panacisoli Gsoil 346T(97.36%)和N.daecheongensis KIS2-16T(95.83%)等。其中菌株x-2T与N.panacisoli Gsoil 346T的DNA-DNA杂交率为29.8%,低于新种界定的70%。磷脂酰甘油(PG)、双磷脂酰甘油(DPG)、未知糖脂(GL)和3种未知的磷脂为菌株x-2T的主要极性脂类型。MK-8(H4)(88.5%)为其主要的呼吸醌类型,肽聚糖构型为LL-二氨基庚二酸(LL-DAP),DNA的G+C含量为71.1 mol%。主要的脂肪酸有C18:1ω9c(31.6%)、iso-C16:0(20.0%)、C17:1ω8c(5.7%)和C16:0(5.6%)。多相分类学结果表明菌株x-2T为类诺卡氏菌属的一个新种,命名为湖岸类诺卡氏菌(Nocardioides litorisoli),菌株保藏编号为x-2T(=KCTC39845T=CCTCC AB 2016255T)。
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