为规范空间开发秩序、优化空间结构和促进区域协调发展,国家在“十一五”规划纲要中明确提出,推进主体功能区建设将做为一项重大战略决策。主体功能区规划是完善区域政府绩效评估的重要基础,而政府绩效评估又是引导、约束、调控主体功能区发展的重要手段,二者相辅相成。在此基础上,按照不同区域的主体功能定位,实行各有侧重的政府绩效评估作为本文的研究内容。本论文主要研究内容和工作成果包括：(1)根据各地区发展水平、发展条件等限制因素,在统筹考虑未来我国人口分布、经济布局、国土利用、城镇化格局,明确不同区域的功能定位的基础上,结合区域功能和定位,分别针对优化开发区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区四类主体功能区,建立与主体功能定位和发展方向相一致的政府综合绩效评估指标体系。(2)在运用熵值法确定政府绩效评价指标权重的基础上,建立了基于灰色关联分析的主体功能区地方政府绩效评估模型。根据不同主体功能区之间的差异,进行分类考核、分类评价,从而有效地实施政府绩效管理。本文以陕西省域内地级市统计公报为数据来源,对2007年陕西省域内主体功能区地级政府绩效进行实证分析,计算出各地级政府的综合绩效,既作为本文模型的有效性验证,也可作为陕西省以后改进政府工作的参考依据之一。本文建立了基于主体功能区的政府绩效评估体系,并利用熵值法和灰色系统理论对区域主题功能区规划的政府绩效进行了评价,希望本文的研究工作能为以后的政府绩效评估工作提供一种新的思路。