大都市圈创新体系理论构建与发展既是当前创新资源全球化配置趋势的迫切要求，也是区域创新体系理论亟待补充的重要研究方向。现实活动揭示，大都市圈的空间层级结构有利于创新主体和创新资源借助产业结构升级而转移，实现技术与知识在大都市圈范围内逐级流动，从而推动区域一体化发展。与省（市）创新体系相比，大都市圈更加可能成为一种高效运行的创新系统。然而，目前中国初具规模的大都市圈的创新能力均落后于国际著名的大都市圈，其原因主要是如何促进大都市圈创新体系发展尚存在研究空白。因此本研究以“大都市圈创新体系”为主题，拟解决以下四个问题：①大都市圈创新体系有哪些支撑环境?各类支撑环境如何影响大都市圈创新体系?②研发部门、制造部门和中间产品部门在大都市圈创新体系内部应如何布局?逐渐集聚还是分散?受到哪些因素的影响?③大都市圈创新绩效由哪些方面构成?如何发展大都市圈的创新绩效?④大都市圈创新体系中心城市的创新资源配置有哪些规律?全文共分七章，主要内容如下：　　 第一章：绪论。本章主要介绍研究背景与意义、研究主题与内容、研究方法与技术路线、研究的主要创新点，并阐述研究的总体框架。　　 第二章：大都市圈创新系统研究综述。首先，从大都市圈的概念界定、形成与发展以及与创新体系之间的关系三个角度评述了国内外关于大都市圈的理论研究；其次，本章从“大都市圈理论”、“国家创新体系”以及“区域创新体系”等三大主题回顾了区域经济与创新体系的相关研究成果。最后，本章梳理了空间经济学的理论假设与核心结论，旨在为后续工作提供明确的研究方向。　　 第三章：大都市圈创新体系支撑环境研究。基于资源观等理论，对大都市圈创新体系的支撑环境进行分析，合并考察各类支撑环境对大都市圈创新体系的影响机理。第一，大都市圈创新体系的发展模式存在明显的“路径依赖”，因此，本文提出支撑环境是大都市圈创新体系发展和理论研究的出发点；第二，本章从经济发展导向、创新客户分布、交通与通讯基础设施和区域分工四个角度分析了经济环境对大都市圈创新体系的支撑机理，提出大都市圈应该采用“创新导向”型的经济发展模式。这并不是说是将“创新”作为大都市圈经济发展的主导因素，而应将“创新”作为引导资源、体制等区域经济主导因素创造价值的线索；第三，本章分析了大都市圈创新体系文化环境的多样性和重叠性，并以长三角大都市圈为例，说明文化的多样性与重叠性是大都市圈创新体系能够持续发展的基础；第四，本章研究了大都市圈创新体系中心城市与外围城市创新发展所需的合理金融结构与银行结构，提出大都市圈中心城市将集聚全部的制造部门和研发部门，因此需要银行主导型的金融体系为其提供金融服务。而大都市圈的外围城市将集聚传统行业和中小企业，因此需要市场主导的金融体系为其提供金融支撑；第五，本章研究了大都市圈中心城市与外围城市对创新人才的需求差异，提出由于中心与外围城市对研发人员、技术管理者、创新实施者和创业者的需求不尽相同，大都市圈创新人力资源配置应体现层级和梯度，；第六，提出大都市圈创新体系统一技术市场模型。大都市圈统一技术市场的构建既能够解决大都市圈内技术交易的地域性限制，也能够促进技术创新成果在都市圈内的快速转移，是大都市圈创新体系建设的重要环节。　　 第四章：大都市圈创新体系的集聚与分散机制。基于空间经济学，本章对大都市圈创新体系的集聚与分散机制进行分析，合并考察大都市圈创新体系研发服务的可贸易性对大都市圈创新体系发展的影响机理。本章开创性引入空间经济学作为大都市圈创新体系发展理论的研究方法，在分析大都市圈创新活动布局和发展趋势的问题上取得一定突破。结果表明：第一，从长期角度来看，随着大都市圈城际之间贸易成本的降低，创新活动必将在大都市圈创新体系形成“中心-外围”的发展范式，即中心城市集聚了全部的科研人员和研发活动，而大都市圈的外围城市将仅具备制造部门和传统部门，甚或仅有传统部门；第二，在研发活动完全本地化的条件下，大都市圈的制造部门同样选择集聚于中心城市，外围城市将只有传统部门；在研发服务可以实现城际贸易的条件下，制造部门是否集聚将取决于知识溢出成本。随着知识溢出成本的降低，制造部门同样遵从“中心-外围”的发展范式；第三，大都市圈的知识扩散强度直接影响知识创新率，当研发部门集聚在大都市圈的一个城市时，知识创新率最高，而当研发部门对称分布在若干城市时，知识创新率最低；第四，政府并不需要在“公平”与“效率”两个选项中做出选择，而是可以实现“公平”与“效率”的兼得。以产业为区分标准，在大都市圈创新体系内部实现多产业中心城市的合理发展模式是实现兼得战略的途径；第五，大都市圈创新体系中的外围城市无法通过研发补贴的方式，减缓研发部门向中心城市集聚的趋势。中心城市具有更多的税基，仍旧可以从双边研发补贴博弈中胜出，引发研发部门向中心城市集聚：第六，大都市圈创新体系的空间格局具有较高的区位黏性，大都市圈创新体系发展的路径依赖程度较高，要改变固有发展模式或路径需要较强的外生冲击。　　 第五章：创新资源与大都市圈创新体系绩效。基于知识生产函数，本章对长三角大都市圈创新体系科技成果产出数量、科技成果产出质量、科技市场活跃程度、科技产业成果产出等四个大都市圈创新体系绩效维度进行面板数据分析，合并考察大都市圈创新体系各个城市创新技术吸收能力、创新技术生产能力、创新基础设施等环境要素对长三角大都市圈创新体系的发展是否产生积极效应。本章将大都市圈创新体系的创新绩效维度按照创新体系产出的不同性质进行分类，在如何计量三类创新资源投入是否影响以及如何影响大都市圈创新体系创新绩效的问题上取得一定突破。　　 第六章：大都市圈创新体系中心城市资源配置演化机理。利用DEA-Tobit两阶段方法对长三角大都市圈创新体系中心城市（上海）的创新资源配置效率进行了评价，并分析了环境因素对创新资源配置效率的影响机理。实证研究结果表明：第一，要根据中心城市创新系统人力资源的存量来确定财力资源的投入；第二，要认识到中心城市创新系统发展的阶段性特征，并根据对创新系统所处阶段的判定，将系统的创新资源配置到弹性大的产出方向；第三，避免区域经济增长较快所导致的资源不合理投入，减少由于资源冗余而导致的资源流动阻塞以及高才者的寻租行为；第四，要深刻认知基础研究与创新活动的耦合性机理，实现中心城市创新系统的可持续快速发展。　　 第七章：主要结论、局限与展望。对全文的主要结论和贡献进行了总结与阐述，对本研究的局限性进行了描述，并对可以进一步深入研究的问题进行了探讨，并分析了未来研究的方向。　　 本研究创新点有四个方面：　　 1.大都市圈创新体系支撑环境的影响机理与培育策略。　　 首次提出大都市圈创新体系支撑环境的研究框架，并分析了五类支撑环境对大都市圈创新体系的影响机理及其培育策略。区别于过往研究对大都市圈创新环境的描述性分析和技术性评估，本文立足于复杂系统、区域经济、创新管理等理论的核心思想，聚焦讨论文化、经济、人才、金融、技术等支撑环境要素对大都市圈创新体系“中心-外围”空间结构的影响，以及大都市圈创新一体化所需具备的条件。同时，提出了大都市圈在文化、经济、人才等方面支撑环境培育的实践规律；　　 2.大都市圈研发（制造）部门的空间集聚与分散机理。　　 引入空间经济学作为大都市圈创新体系规范研究的方法，在分析大都市圈创新体系集聚与分散机制的问题上取得一定突破。本文基于空间经济学对大都市圈研发部门、制造部门、中间产品部门的集聚与分散机理进行分析，核心结论为建设多维“产业中心城市”的大都市圈发展战略提供了理论支持。同时，合并考察对大都市圈研发部门与生产部门的交互影响机制，并归纳了研发服务可贸易性对大都市圈创新均衡的影响规律；　　 3.大都市圈创新绩效维度分类、影响机理与发展策略。　　 在将大都市圈创新绩效维度按照创新体系产出的不同性质进行分类的基础上，使用面板数据分析了三类创新资源是否以及如何影响大都市圈创新绩效。本文借鉴Kaplan等（1992）所发明的“平衡计分卡”的思想，将大都市圈创新绩效分为四个纬度，并基于知识生产函数，对长三角大都市圈四个创新绩效维度进行了面板数据分析，合并考察大都市圈对创新技术的吸收和生产能力，以及创新基础设施等环境要素对创新绩效发展的影响。经验证据表明长三角大都市圈存在“重视创新资源，忽视环境支撑”、“重视创新投入，忽视结构调整”的可能，并发现创新主体缺乏对高质量创新成果追求的动机；　　 4.大都市圈中心城市的资源配置效率评价与演化规律。　　 本文对大都市圈中心城市创新资源配置效率进行评价，在分析创新资源配置演化规律方面取得了一定创新。过往研究对创新资源配置效率的评价侧重于对不同区域进行横向比较，忽视了由于环境差异所导致的技术风险，本文创新之处在于对大都市圈中心城市做纵向评价，并从中归纳了中心城市创新资源配置的演化规律。研究的三点重要发现为大都市圈中心城市制定创新蓝图提供了决策依据，包括：人力资源对财力资源的“拉拔效应”，中心城市创新产出的三阶段特征，以及基础研究与创新活动之间的耦合性机理。