目的:了解儿童结核病临床分离结核菌中抗原PPE18和pep A的多态性,并通过探讨抗原多态性对人T细胞抗原表位的影响,初步评估其对M72疫苗有效性的影响。方法:选取重庆医科大学附属儿童医院感染科从2006年到2013年收集的168株儿童结核病临床分离结核菌株,运用PCR扩增PPE18和pep A基因序列后,与结核标准株H37Rv基因序列进行比对,分析结核菌株中PPE18和pep A基因多态性特点,比较其在T细胞抗原表位的差异。在已经完成菌株基因分型的基础上,运用统计学方法比较168株结核菌株中北京家族结核菌株(107株)和非北京家族结核菌株(61株)中抗原PPE18和pepA多态性的差异。结果:在168例结核菌株中,117例(69.64%)有PPE18基因多态性,其中110例(65.48%)导致PPE18蛋白氨基酸序列改变;6例(3.6%)有pep A基因多态性,2例(1.2%)导致pepA蛋白氨基酸序列改变。在抗原PPE18中,17个T细胞抗原表位有10个发生了改变;而抗原pep A中,8个T细胞抗原表位未发现任何突变。北京家族结核菌株中PPE18蛋白氨基酸的突变率明显高于非北京型家族,有统计学差异;而北京型家族结核菌中pep A蛋白氨基酸的突变率虽然高于非北京型家族,但无统计学差别。结论:抗原PPE18和pep A序列均存在多态性,并可能导致其蛋白功能的明显改变。PPE18蛋白的人类T细胞抗原表位的多变性,反映结核菌可能因此来其逃避宿主的免疫反应。M72疫苗诱导的免疫保护作用对感染某些结核分枝杆菌尤其是北京家族结核菌的患者会大大减弱。