微卫星不稳定型结直肠癌特征基因的筛选及其调控PD-1单抗敏感性的机制研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hutao95
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:微卫星高度不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)是一种发生在基因组微卫星上的超突变模式,其发生是由于肿瘤组织的DNA错配修复出现功能性缺陷导致,即错配修复缺陷(mismatch repair deficient,d MMR)。结直肠癌(colorectal cancer,CRC)起源于正常结肠上皮,基因组不稳定性是驱动其发生的关键因素,CRC中存在两种类型的基因组不稳定性,包括染色体不稳定性和微卫星不稳定性。MSI-H/d MMR在不同种类的癌症中均有发生,在结直肠癌中的发病率较高,约占整体15%和转移性CRC患者5%,这一亚型的患者是免疫检查点抑制剂(immune checkpoint blockade,ICB)治疗的优势人群。尽管如此,多项研究已经发现,ICB治疗MSI-H/d MMR型CRC患者的客观缓解率仅约40%,相当大部分患者对治疗无应答或不能从中持续获益,提示MSI-H/d MMR型CRC肿瘤具有异质性。因此,进一步对MSI-H/d MMR型CRC患者进行分层、挖掘其中免疫治疗获益人群的特征基因,并探索其作用机制对精准的ICB治疗至关重要。本研究拟针对这一关键科学问题,通过单细胞转录组测序数据挖掘MSI-H/d MMR型CRC的关键基因,并通过实验对其在ICB治疗中的作用及其潜在机制进行深入探讨。研究方法:1.应用R包bibliometrix分析文献计量数据,包括出版物的数量和被引次数、国际合作关系、国家和期刊贡献、高被引文献、高贡献期刊和历史直接引文网络等。2.Cite Space软件分析具有引文爆发特征的文献。3.VOSviewer用于文献计量网络数据的可视化,如关键词、主题词、作者和机构等,节点之间的链接代表了共现、耦合、合作等关系。4.本研究分析了单细胞转录组数据GSE144735,对数据进行了质量控制和批次效应校正。5.应用Seurat R包进行细胞聚类分析,应用t分布随机邻居嵌入法对细胞聚类进行可视化展示。6.通过Single R R包和Cell Marker数据库进行细胞类型的注释。7.利用Monocle 2进行结直肠癌上皮细胞的拟时序分析以推断肿瘤细胞的发生发展过程并分析拟时序轨迹中基因的表达变化。8.通过R包Seurat进行细胞亚群差异基因筛选。9.通过单样本基因富集分析(single sample GSEA)对每个细胞进行通路富集分析,通过Hallmark数据库基因集注释生物学功能。10.在GSE39582和GSE72970数据集中分析基因与各个临床病理学参数的关系。11.通过肿瘤纯度分析(Estimate)推断结直肠癌样本的肿瘤纯度。12.蛋白免疫印迹(Western blotting)实验用于检测蛋白表达水平。13.定量实时聚合酶链反应(q RT-PCR)检测m RNA表达水平。14.应用siRNA或c DNA质粒转染技术对目的基因进行敲减或过表达。15.通过慢病毒感染和药物筛选法构建稳转细胞系。16.应用密度梯度离心法从健康人外周血中提取外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)。17.在96孔板中共培养肿瘤细胞与PBMC,应用MTS法和倒置荧光显微镜检测肿瘤细胞存活率。18.通过流式细胞表面染色检测肿瘤细胞表面HLA-DR表达。19.R软件和Graph Pad Prism 9用于上述绘制分析,所有统计学检验均为双尾,P值<0.05被认为具有统计学差异。结果:1.文献计量学研究部分纳入免疫检查点抑制剂PD-1、PD-L1分子相关文献11971篇,PD-1、PD-L1单抗的随机临床实验(randomized clinical trial,RCT)和荟萃分析分别为191篇和335篇。2.PD-1、PD-L1分子相关文献主要分成3个研究主题,用于预测PD-1、PD-L1单抗疗效的生物标志物包括MSI-H等是癌症与生存主题的重要组成部分。在PD-1、PD-L1单抗RCT中研究人员关注了治疗人群的选择,而荟萃分析中更关注与免疫相关不良反应和人口学特征对ICB疗效的影响。3.PD-1、PD-L1研究领域的重点已经从分子机制逐渐转向临床应用,包括免疫检查点抑制剂联合化疗、分子靶向治疗等策略。免疫治疗相关生物标志物如MSI-H、免疫治疗相关不良反应、PD-1和PD-L1单抗治疗的敏感性和耐药性以及肿瘤异质性是目前和未来的研究热点。4.结直肠癌上皮细胞的单细胞聚类分析提示了结直肠肿瘤细胞的多样性,本研究从中识别了左半结肠特异的肿瘤细胞亚群、混合的肿瘤细胞亚群、晚期肿瘤细胞亚群和MSI-H肿瘤细胞亚群等。5.拟时序分析发现在从左半结肠特异性细胞亚群发展至晚期肿瘤细胞的轨迹中,上皮间质转化和血管新生功能富集程度逐渐增加。6.MSI-H肿瘤细胞在拟时序轨迹中形成了独特的分支,并且沿轨迹MSI-H肿瘤细胞亚群免疫相关通路富集程度逐渐增加,如炎症反应、肿瘤坏死因子、干扰素应答等。7.ANXA10是免疫相关功能富集程度最高的MSI-H肿瘤细胞亚群的特征基因,ANXA10表达水平在MSI-H肿瘤分支中随轨迹逐渐增加。ANXA10在d MMR型肠癌、近端肠癌和右半结肠癌中高表达,并与对5-氟尿嘧啶(5-fluorocrail,5-FU)为基础的化疗反应较差有关(P<0.05)。8.ANXA10在MSI-H肠癌细胞系HCT15中表达较高,在MSI-H肠癌细胞系HCT116和RKO中表达较低。9.ANXA10增加了PBMC作用下MSI-H肠癌细胞的存活率(P<0.05)。10.ANXA10显著提高MSI-H肠癌细胞对PD-1单抗的敏感性(P<0.001)。11.ANXA10显著增加MSI-H肠癌细胞表面HLA-DR表达阳性细胞比例(P<0.01),并促进HLA-DR二聚体的组成型和IFN-γ诱导型表达。12.ANXA10不能上调HLA-DRα和HLA-DRβ的m RNA表达。13.ANXA10敲减显著降低了MSI-H肠癌细胞系中CD74的m RNA(P<0.01)和蛋白表达。结论:1.PD-1、PD-L1研究领域的重点已经从分子机制逐渐转向临床应用,免疫治疗相关生物标志物如MSI-H、肿瘤异质性、免疫治疗相关不良反应以及PD-1和PD-L1单抗治疗的敏感性和耐药性是目前和未来的研究热点。2.ANXA10是免疫相关功能富集程度最高的MSI-H肿瘤细胞亚群的特征基因,在d MMR肠癌中高表达,可能在该人群中发挥了重要的生物学功能。3.在MSI-H型肠癌细胞系中,ANXA10能够显著增加肿瘤细胞对PD-1单抗的敏感性。4.ANXA10在MSI-H肠癌细胞系中可能通过上调CD74表达,进而促进了细胞表面HLA-DR表达,最终提高了肿瘤细胞对PD-1单抗的敏感性。
其他文献
移动互联时代,传统媒体主持人在抖音等平台上进行创作实践已成为一种普遍现象。在多模态话语视角下,传统媒体主持人的短视频生产呈现出三层结构。在抽象意涵层面,传统媒体主持人主要呈现了对立和展示两种框架结构;在议题/内容层面上,主持人的实践主要集中在亲密关系的沟通、工作图景的呈现和视觉表演三个维度;在语法维度的低层框架上,主持人的短视频则有一种模态协同下的冲突性表达特点,同时也以高介入高参与、平等与对话的
近年来随着我国经济发展步入新常态,对我国的商贸流通经济的发展也提出了更高的要求,作为我国经济结构重要组成部分的商贸流通经济应该顺应经济新常态的发展局势做出相应的改革,以此来促进商业领域能够在新常态经济背景下有健康持续稳定的发展。基于此,文章首先分析了新常态经济对于我国商贸流通经济的具体影响,进而探讨了在经济新常态背景下我国商贸流通经济转型的具体实施策略,为商贸流通经济未来更好的发展提供参考。
脑卒中后认知障碍(PSCI)是脑卒中患者的常见并发症,严重影响患者的生活质量。目前,PSCI在临床治疗中尚未发现有效的针对性治疗措施。大量研究证实核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)炎症小体的活化在PSCI中起关键作用,且对其进行的许多抑制性治疗都显示出了改善认知障碍的功效。为此,本文总结了NLRP3炎症小体的活化和影响因素及其与PSCI的关系,发现在PSCI的细胞和动物模型中,针对N
市场营销策略始终是企业经营中常谈到的话题,它对企业的发展历程,管理理念,经营模式等诸多因素都产生了极其深远的影响。文章利用SWOT模型,对DS公司(A公司授权经销商)的管理策略进行研究,最终基于模型下的多个组合,对线下传统零售业的发展,得出了相对客观的结论,以此提出对线下零售业具有针对性的改进建议。
5G技术作为现代科技的重要推动力,在社会各行各业的作用逐步凸显。本文以现代农业发展趋势为背景,充分调研了5G物联网技术运用于现代农业的现状和发展前景。将基于5G技术的物联网系统引入草莓、葡萄立体温室种植过程并进行了具体的研究分析,实证5G物联网技术运用于农业生产经营的可行性,同时探讨了通过物联网技术实现农业产品供应链回溯回应市场需求的优势,以及实现农业生产经营全过程重要数据采集分析的可能性和有效性
滚动轴承是机械设备的关键部件,其振动信号的不平稳性及单一信息域特征的局限性,一定程度上增加了故障诊断难度。针对上述问题,提出一种基于深度学习和多域决策融合的轴承故障诊断技术。首先,应用S变换和递归图变换技术将振动信号从一维时域扩展至二维时频域和空间域;之后,为使诊断模型适应故障数据稀缺现状,构建泛化性和自适应性较好的微型卷积神经网络,学习提取信号的多域特征,网络参数低至6个数量级,可实现快速训练和
随着我国乡村旅游的蓬勃发展和“美丽乡村”建设的不断推进,快旅慢游、慢旅舒游,个性化旅游产品的定制逐渐被大众的特色游、深度游意识所指向,传统的旅游形式已经远远不能满足游客多层次和个性化的需求。与此同时,在乡村振兴时代背景下,以“一镇一色”“一村一品”的自然风貌、民俗文化以及人文情怀为依托的特色旅游成为促进当地经济繁荣的新引擎,主要基于当地特色旅游项目和旅游产品进行综合性开发,引起游客特殊的情感共鸣。
基层治理的“共治”取向塑造了新的治理结构。在社区场域,良性互动要求党不但要处理好多元主体间的关系,还要能够解决基层治理效能问题。通过对石家庄一个老旧社区的“红色物业”进行个案调查发现:在不改变社区“存量”权力关系的基础上,党的政治领导实现了“增量”治理效应。同时,党建赋能的策略也有效提升了物业公司的治理能力,这些策略包括条件准入、资源下沉、激励与规制。领导与赋能推动了“红色物业”的企业转型和老旧社
现代社会的快速发展,对钢结构工程日新月异的需求,对施工技术也提出更新、更高的要求,常规的施工技术并不能适用于每一个具体工程,在某些方面已不能适应现在经济、高效、环保的施工理念。目前钢结构吊装技术在双层甚至多层厂房的施工中研究较少。人们在没有找到适合该类工程可靠的施工技术之前,往往习惯从风险责任角度考虑,大多使用常规的吊装技术,如使用大型起重机吊装、塔式起重机吊装等等,同时还会因具体工程各异而附加各