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根结线虫(Meloidogyne spp)是植物上一类重要的病原物,寄主范围十分广泛,其中拟禾本科根结线虫(Meloidogyne graminicola)能对多种农业作物造成严重危害,对农业经济影响巨大。水稻(Oryza sativa)是我国主要的粮食作物之一,也是拟禾本科根结线虫最主要的寄主。由拟禾本科根结线虫引起的水稻根结线虫病是影响水稻产量最主要的植物寄生线虫病害之一。对线虫病原体的早期诊断和及时采取有效措施对减少病原线虫危害以及保障粮食安全具有重要意义。本研究基于拟禾本科根结线虫SCAR标记的基因组序列建立了环介导恒温扩增技术以及实时荧光定量快速检测技术,可用于田间土壤样品中拟禾本科根结线虫的检测。具体研究结果如下。
1.建立了拟禾本科根结线虫LAMP快速检测鉴定方法。该方法使用的LAMP特异性引物是基于拟禾本科根结线虫SCARrDNA序列设计的,包括一对外引物Mg-F3/Mg-B3、一对内引物Mg-FIP/Mg-BIP和一条探针引物Mg-HP。通过LAMP进行扩增,扩增产物通过凝胶电泳、SYBRGreenI染料和试纸条进行特异性、灵敏度研究。结果表明其引物特异性强,灵敏度高,仅含有拟禾本科根结线虫DNA的样品呈现阳性结果。LAMP在0.5g土壤中的拟禾本科根结线虫检测灵敏度为10-2条2龄幼虫(J2),高于普通PCR;在100g土壤中的灵敏度为22条,高于普通PCR在100g土壤中的灵敏度211条拟禾本科根结线虫。
2.基于拟禾本科根结线虫SCARrDNA序列设计了一对qPCR引物Mg-F/Mg-R,构建了拟禾本科根结线虫的实时荧光定量PCR检测体系。在0.5g土壤中,拟禾本科根结线虫2龄幼虫的线性回归方程为y=-3.146x+29.708,相关系数R2和扩增效率E分别为0.970和1.079。利用无污染土壤线虫添加法,建立了线虫数量与扩增Ct值间的标准曲线,对田间自然土壤样品进行拟禾本科根结线虫种群进行定量检测。检测结果表明,样品中以Baermann漏斗法分离计数的线虫种群数量与通过标准曲线计算的线虫数量的相关系数为0.477,P=0.0160(P<0.05),表现出明显的相关性。
3.对普通PCR方法以及基于PCR的方法LAMP和qPCR检测进行了综合比较分析发现:本研究建立的LAMP和qPCR检测方法都可用于田间土壤中拟禾本科根结线虫的检测。相比于传统形态学方法和普通PCR方法,操作简单,用时短,更灵敏并且更易于检测。而建立的两种快速检测方法中LAMP法通过肉眼观察到的颜色变化即可分析LAMP检测结果,无需用到复杂的仪器以及繁琐的操作过程,消除了对特殊的凝胶成像设备和昂贵的荧光试剂的依赖,仅需使用恒温水浴或具有稳定热源的普通设备,更适用于基于现场和基础设施较少的实验室的病原线虫检测。而qPCR快速检测方法不仅能有效判断田间土壤中是否存在拟禾本科根结线虫,还能进行定量检测,为水稻根结线虫病的早期预警与有效防控提供更有利的技术支撑。
1.建立了拟禾本科根结线虫LAMP快速检测鉴定方法。该方法使用的LAMP特异性引物是基于拟禾本科根结线虫SCARrDNA序列设计的,包括一对外引物Mg-F3/Mg-B3、一对内引物Mg-FIP/Mg-BIP和一条探针引物Mg-HP。通过LAMP进行扩增,扩增产物通过凝胶电泳、SYBRGreenI染料和试纸条进行特异性、灵敏度研究。结果表明其引物特异性强,灵敏度高,仅含有拟禾本科根结线虫DNA的样品呈现阳性结果。LAMP在0.5g土壤中的拟禾本科根结线虫检测灵敏度为10-2条2龄幼虫(J2),高于普通PCR;在100g土壤中的灵敏度为22条,高于普通PCR在100g土壤中的灵敏度211条拟禾本科根结线虫。
2.基于拟禾本科根结线虫SCARrDNA序列设计了一对qPCR引物Mg-F/Mg-R,构建了拟禾本科根结线虫的实时荧光定量PCR检测体系。在0.5g土壤中,拟禾本科根结线虫2龄幼虫的线性回归方程为y=-3.146x+29.708,相关系数R2和扩增效率E分别为0.970和1.079。利用无污染土壤线虫添加法,建立了线虫数量与扩增Ct值间的标准曲线,对田间自然土壤样品进行拟禾本科根结线虫种群进行定量检测。检测结果表明,样品中以Baermann漏斗法分离计数的线虫种群数量与通过标准曲线计算的线虫数量的相关系数为0.477,P=0.0160(P<0.05),表现出明显的相关性。
3.对普通PCR方法以及基于PCR的方法LAMP和qPCR检测进行了综合比较分析发现:本研究建立的LAMP和qPCR检测方法都可用于田间土壤中拟禾本科根结线虫的检测。相比于传统形态学方法和普通PCR方法,操作简单,用时短,更灵敏并且更易于检测。而建立的两种快速检测方法中LAMP法通过肉眼观察到的颜色变化即可分析LAMP检测结果,无需用到复杂的仪器以及繁琐的操作过程,消除了对特殊的凝胶成像设备和昂贵的荧光试剂的依赖,仅需使用恒温水浴或具有稳定热源的普通设备,更适用于基于现场和基础设施较少的实验室的病原线虫检测。而qPCR快速检测方法不仅能有效判断田间土壤中是否存在拟禾本科根结线虫,还能进行定量检测,为水稻根结线虫病的早期预警与有效防控提供更有利的技术支撑。