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枣（Ziziphus jujuba Mill.）是我国特色果树树种之一，具有重要的经济价值。SSR（Simple Sequence Repeats，简单重复序列）是指基因组中存在的1-6个核苷酸的简单串联重复序列，是基因组的重要组成部分，了解其分布及特征有助于解释物种基因组的构成与进化；同时，SSR引物的开发可为物种的遗传多样性分析、品种鉴定及分子育种提供参考。本试验首先对课题组测序获得的枣基因组数据进行SSR位点搜索，分析枣基因组SSR位点的分布特征，并使用相同搜索标准与苹果、梨、葡萄等近缘物种基因组SSR位点进行比较；然后，根据搜索出的SSR位点批量设计引物，先用6个品种进行多态性引物初筛，再在20个枣品种中验证其多态性，同时在被子植物不同科的物种间检测枣SSR引物的通用性。主要结果如下：1、在3027条枣基因组的scaffold序列中（占枣预测基因组大小90.00%），利用MISA软件搜索SSR位点，发现2144条含有SSR位点，占序列条数的70.83%。共检测出436676个SSR位点，平均每0.93kb就出现1个SSR位点，且以完全重复型SSR为主（401456个）。进一步分析发现，枣基因组的SSR位点存在480种重复基元类型，占主要地位的是单至三核苷酸重复类型。以单核苷酸SSR位点数量最多（283301个）；其次是二核苷酸和三核苷酸（106537个和38168个）；四、五、六核苷酸重复类型的SSR位点数量很少，三者共占全部SSR位点的3.84%。2、枣基因组SSR位点中，单核苷酸以A/T重复基元为主，比例高达98.48%；二核苷酸中主导的重复基元类型为AT/AT，比例为74.33%；三核苷酸中的优势基元类型为AAT/ATT，比例为64.17%；四、五、六核苷酸重复的优势基元类型分别为AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT、AAAAAG/CTTTTT。3、在相同搜索参数下，对枣、苹果、梨、桃、草莓、梅花、桑树等已测序蔷薇目植物和葡萄基因组中SSR位点分布进行比较，发现枣基因组中SSR位点的密度最大，达到了387个/Mb。4、利用Primer3.0软件对枣SSR位点引物进行批量设计，成功设计了78928对引物，占SSR位点总数（除单核苷酸重复类型外的SSR位点总数，153375个）的51.46%，经过筛选后得到30565对引物。其中，以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主，比例分别为81.48%和13.39%。5、利用6个品种对随机挑选的1000对引物进行筛选，得到有效扩增引物725对，多态性引物511对，其中包括243对二核苷酸重复SSR引物和232对三核苷酸类型引物。6、随机挑选16对枣SSR引物对20个枣品种进行分析，共扩增出了68条多态条带，平均每对引物扩增4.25个多态性片段，引物的PIC值在0.51-0.72之间，平均为0.61，均为高效率引物。7、随机挑选了64对枣SSR引物对8个科的15种植物进行分析。统计分析35对多态性引物，共扩增出了107条多态性条带，每对引物平均扩增出3.06个多态性片段，PIC值的范围是0.20-0.70，平均为0.48。证明枣多态性SSR引物在不同物种间有一定通用性。8、利用SSR结果对8个科的15种植物进行聚类分析，结果表明枣（酸枣）和蔷薇科植物亲缘关系较近。