猪传染性胃肠炎病毒结构蛋白基因克隆及特征分析

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参照TGEV的已知基因序列针对S基因设计3对特异引物、针对sM、M和N基因各设计1对特异引物,以RT—PCR扩增TGEV TS株的S、sM、M和N4种结构蛋白基因,测序后进行各基因序列及其特征分析。结果如下: 1.S基因扩增获得SⅠ、SⅡ和SⅢ3个片段,其大小分别约为1262 bp、2368 bp和1266 bp。SⅠ、SⅡ和SⅢ片段经剪切,TS株S基因全长为4347 nt,共编码1449个氨基酸。TS株与其他毒株的S基因序列分析发现,TS株与Miller株、FS722/70株、TGEV H株、96-1933株、TFI株均有1124~1129位的5′-ATGATA -3′6个碱基,而在Purdue株、TH-98株、NEB72-RT株和PRCV-HOL87株中缺失;TS株与Miller株、FS722/70株、TFI株、Purdue株、96-1933株、TGEV H株、TH-98株、NEB72-RT株和PRCV-HOL87株之间的核苷酸序列同源性分别为99.6%、98.9%、98.0%、46.9%、95.7%、99.3%、46.8%、46.9%、和29.0%,推导氨基酸序列的同源性分别为99.1%、98.4%、97.7%、97.6%、94.7%、98.6%、97.0%、97.5%和96.7%;TS株的推导氨基酸序列较Purdue株、TH-98株和NEB72-RT株多出2个潜在的糖基化位点。 2.sM、M和N基因扩增分别得到大小为346 bp、932 bp和1217 bp片段,其大小与预计的目的片段相符。与其他TGEV毒株基因序列相比较,TS株的sM、M和N基因全长分别为248 bp、789 bp和1149 bp,各编码82个、262个和382个氨基酸;TS株与Purdue株、TFI株和96-1933株的sM基因核苷酸序列同源性分别为95.2%、92.7%和90.2%,其推导氨基酸序列的同源性分别为95.9%、97.2%和98.8%;TS株与Purdue株、TFI株、TGEV H株和96-1933株的M基因核苷酸序列同源性分别为95.2%、98.0%、99.6%和95.0%,其推导氨基酸序列的同源性分别为97.0%、97.3%、98.5%和93.5%;TS株与Purdue株、TFI株、FS722/70株、Korea株、TO14株、TGEV H株和96-1933株的N基因核苷酸序列同源性分别为98.1%、97.7%、99.0%、98.3%、99.2%、99.0%和95.9%,推导氨基酸序列同源性分别为97.9%、98.4%、99.0%、97.7%、99.5%、66.2%和96.6%。
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