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黑素皮质素受体-4(MC4R)在哺乳动物中可与瘦蛋白、神经肽Y、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和能量平衡,在禽类的表达与其采食和体内脂肪沉积具有密切关系。本研究将MC4R基因作为影响鹅脂肪沉积的侯选基因,通过比较基因组学的方法,克隆并测序鹅MC4R基因编码区序列,对其进行序列分析和MC4R氨基酸残基的特性参数分析;选用限制性内切酶HinfI和TaqI检测MC4R基因的RFLP;建立不同基因型与鹅重要经济性状之间的关联分析模型,分析不同基因型与鹅重要经济性状的相关性。1.首次克隆出鹅MC4R基因编码区序列,其完整的编码区序列长度为996bp。序列在GenBank上登录,收录号为DQ482582。2.核苷酸序列分析表明:鹅与鸡的MC4R基因同源性最高(95.3%),与其它物种的同源性在75%～79%之间;构建核苷酸进化树,发现禽类较早地与哺乳类动物分化开来,灵长类、食草类动物以及食肉类动物之间在分化上表现出明显的特异性。3.鹅MC4R基因编码331个氨基酸,分析该段蛋白质的氨基酸组成,比较不同物种之间的氨基酸序列的同源性,结果表明:鹅与鸡的同源性最高,与哺乳类和鱼类次之。4.对鹅MC4R基因密码子使用策略分析显示:不同的氨基酸在该区域采用不同的密码子使用策略,Ala偏爱使用GCA,Arg使用AGG、CGC和CGG,Gly使用GGC和GGG,Leu使用CUC和CUG,Pro使用CCU,显示出密码子使用的非随机性。比较鹅与其它物种的密码子使用策略的相似性,发现鹅与鸡的密码子使用频率的相似系数较高(0.801),与人的相似系数为0.630,与其它几种动物的相似系数仅为0.5～0.6之间,显示出物种之间采用不同的密码子使用策略。5.分析鹅MC4R氨基酸的亲水性、相应区域位于表面的概率以及电荷密度,结果显示,MC4R 8个亲水性区域和7个疏水性区域以及正负电荷密度和氨基酸残基位于表面的概率表现出交替性出现的规律。6.分析HinfI酶切位点产生的不同基因型(AA型和AB型)与生产性能之间的关联性,结果表明:仅AA型对提高屠体重、半净膛重和全净膛重具有极显著的效应(P＜0.01),对肌胃率和腹脂率具有显著的负效应(-2.008和-2.214),对提高肝脏重和心脏重的效应也达到了显著水准(P＜0.05),AA型对降低胸肌失水率具有显著的效应(P＜0.05);AB型的效应均未达到显著水准(P＞0.05)。