在村民自治体系中,存在着众多结构,将这些结构按照层级划分将分为村级组织和村民小组。理性选择理论认为,个体的行动决定是合乎理性的,村级组织和村民小组、村干部与村民的行动路径遵循着一定的经济理性。因而一定范围的利益整合机制,是民主自治的原动力。当前的农村社会中,村民自治必须时刻受到三种力量的作用。首先是土地的划分所形成的点面格局,这是村民自治的物质基础；其次是村级组织的行政化及其权力的集中,这是村民自治所面对的政治环境；最后是小组利益共同体及其排外性,这是小组范围内自治的原动力。三种力量的作用一方面使得村级组织有抛离小组而单纯围绕行政系统运转的倾向,另一方面使得村民的利益被限定在小组之内,小组共同体保持着民主自治的特性。村域范围内的村级组织和村民小组在两个层面上分别运转,对于时下的村组关系的影响表现在三个方面：首先是村庄发展中村组利益的不一致,其次是村组对话中双方地位的不对等,最后是村组互动中信任感的缺失。从其影响可以看到,村组关系的不和谐以及已然行政化的村级组织对于村民小组的优势地位。从现有的政治环境,组织运行规则,可以推定：一方面,村级组织的行政化有继续向下扩展的趋向,小组范围的自治有被进一步压缩的风险；另一方面,行政系统的自发调整,干部作风的转变,以及村级组织服务功能的强化,一段时期内有助于村组联系的加强,然而其对于基层民主的推动依然动力不足。反思村民自治实践,其实现路径依赖于利益整合机制的建立。这种利益整合机制,既意味着一定范围的社区经济的建立,也意味着乡村经济的崛起。此外,通过对比村民自治实践在两个层面上的不同运行状况,可以看出村民自治的具体方式并不能生搬硬套西方民主的样式,而应与一定的历史传统、村落文化相契合。