线虫和拟南芥DNA序列沿染色体排列的序关系

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选择了4个信息参数来描述核酸序列的序列特性,以线虫染色体上顺次排列的DNA序列、基因间序列和编码序列片段为序列单元,分析各个单元的序列特性沿着染色体排列的顺序关系。结果显示线虫染色体上各个序列单元的排列呈现出一种序规律。每条染色体均有一个保守区处在染色体的中部,染色体的两端是活跃区。t检验显示两个区域中各个信息参量的平均值有显著的差别。相对于活跃区,保守区单碱基使用偏置明显,GC含量低。从保守区中部向染色体两边的活跃区延伸,序列的进化水平逐渐增高,而且变化的幅度也增加。对于DNA全序列和基因间序列,保守区相邻碱基的关联强度低于活跃区域,而且分布稳定。强关联序列均分布在活跃区域,与低关联的片段交织在一起形成很大的起伏。编码序列的碱基关联分布与基因间序列正好相反,即保守区域的碱基关联明显高于活跃区域,显示出两类序列的差别。Ⅳ号染色体显示出了染色体形成的拼接模式。x染色体上各个参量的分布相对稳定。总之,染色体组织和进化的约束不仅体现在基因间序列上,也体现在编码序列上,进一步体现在单碱基的使用和紧邻碱基关联上。 另外,以拟南芥DNA全序列为分析对象,分析各序列片段的特性沿着染色体排列的顺序关系。结果显示拟南芥染色体上各个序列单元的排列呈现出一种序规律。4个信息参数在着丝点附近显示出特殊的分布,着丝点附近序列的进化水平较高。
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