牛肠道寄生虫感染较为普遍,肠道寄生虫感染不仅影响牛生长发育,甚至可造成动物死亡,给养牛业造成巨大的经济损失。同时有些感染牛的寄生虫具人兽共患或人兽共患潜力,牛可成为人这些寄生虫的感染来源,在公共卫生上具有重要意义。近年来,安徽省养牛业发展迅速,但牛寄生虫病的防控严重滞后,尤其是很多肠道寄生虫的流行情况目前尚属空白。鉴于此,本研究拟对安徽省多地奶牛、黄牛和水牛进行肠道寄生虫的大体调查和多种原虫的分子流行病学调查,以期为安徽省牛寄生虫病的防控及评价牛在一些人兽共患原虫传播过程的作用和公共卫生意义等提供参考。2018年3月到10月,从安徽省多个地区的6个规模化奶牛场（526份）、7个规模化黄牛场（323份）、4个规模化水牛场（106份）共采集955份新鲜粪便样品,采用饱和盐水漂浮法、水洗沉淀法等常规检测方法对上述样品进行检测。结果显示,安徽省牛肠道寄生虫总感染率为17.28%,其中奶牛感染率为13.50%,黄牛感染率为14.55%,水牛感染率为44.34%。奶牛中检出阿米巴原虫、球虫、毛圆线虫、莫尼茨绦虫等寄生虫,黄牛中检出球虫、毛圆线虫、阿米巴原虫、前后盘吸虫、莫尼茨绦虫等寄生虫,水牛中检出阿米巴原虫、球虫、毛圆线虫、类圆线虫、莫尼茨绦虫等寄生虫。奶牛优势虫种为阿米巴原虫,黄牛优势虫种为阿米巴原虫和球虫,水牛优势虫种为阿米巴原虫、球虫和毛圆线虫且多呈混合感染,感染强度也较大。为了解安徽省奶牛、黄牛和水牛隐孢子虫流行及虫种分布情况,对采集的955份新鲜粪便样品,提取其基因组DNA,采用基于隐孢子虫18s rRNA基因的PCR方法对所有样本进行检测、测序和分析。结果显示,安徽省奶牛、黄牛、水牛隐孢子虫总感染率为2.41%（23/955）,奶牛、黄牛和水牛的感染率分别为2.09%（11/526）,3.1%（10/323）和1.89%（2/106）。序列分析显示本研究中所获得的23份隐孢子虫阳性样品均为C andersoni。为了解安徽省奶牛、黄牛和水牛E.bieheusi感染及基因型分布情况,对上述提取的粪便基因组DNA,采用基于E.bieheusi ITS基因的PCR方法对所有样本进行检测、测序和分析。结果显示,安徽省奶牛、黄牛、水牛E.bieheusi总感染率为4.19%（40/955）,奶牛、黄牛和水牛的感染率分别为3.04%（16/526）,7.12%（23/323）和0.94%（1/106）。测序及分析显示本研究共获得10个E.bieheusi基因型,包括2个已知的基因型J和CHN11和8个新基因型AHDC1,AHYC1,AHYC2,AHYC3,AHYC4,AHYC5,AHYC6 和 AHYC7。进化树构建显示除基因型CHN11属于Group 1外,其余9个基因型均属于Group 2。为了解安徽省奶牛、黄牛和水牛G.duidebalis流行及聚集体分布情况,对上述提取的粪便基因组DNA,首先采用基于G.duodenalis SSU rRNA基因PCR方法对所有样本进行检测,再对SSU rRNA基因阳性样品分别进行基于TPI基因和GDH基因的PCR扩增和测序,以鉴定G.duodenalis聚集体情况。结果显示,安徽省奶牛、黄牛、水牛G.duodenalis总感染率为1.88%（18/955）,奶牛、黄牛和水牛的感染率分别为1.14%（6/526）,3.1%（10/323）和 1.89%（2/106）。序列分析显示12个TPI基因分离株分别为聚集体E1、E3和Ef1,5个GDH基因分离株均为聚集体E。为了解安徽省奶牛、黄牛和水牛Blastocystissp.感染情况,对上述提取的粪便基因组DNA,采用基于Blastocystis sp.18s rRNA基因的PCR方法对所有样本进行检测。结果显示955份牛粪样本中未获得Blastocystis sp.阳性样品。