制度分析一直是公共行政研究的重要方法。公共行政制度是公共行政活动的基础和依据，是政府与社会二者关系的集中体现。公共行政制度研究对于公共行政研究具有基础性地位，通过对公共行政制度产生和变迁的内在逻辑的认识和把握，能够为公共行政理论的建构和现实的行政发展提供理论支撑。 本文以对公共行政研究范式转换的把握为基础，反思以往对公共行政制度研究存在的问题，认为以往对公共行政制度的基础认识不足，没有从理论上明确说明公共行政制度生成和变迁的基础及其内在逻辑；事实上，公共行政所要面对和处理的问题集中在公共领域，而公共利益就是公共领域利益关系的集中体现，公共利益的实现可以有不同的机制，但政府的公共利益供给是最为重要的，这也规定了的公共行政的基本价值。这样，公共行政制度就是围绕公共利益问题产生和变迁的，或者说公共行政制度的产生和变迁是以公共利益为基础的。政府在进行公共行政制度的创新过程中，必须以公共利益为基础才能保证公共行政制度的合法性和有效性。当前，我国正处于社会转型时期，在以政府为主体的公共行政制度创新过程中，必须注意改革中的利益问题，特别是如何实现公共利益的有效供给问题。结合我国的行政环境，可以按照“以人为本”的理念来构建和选择符合我国行政实际的行政体制和政府治理模式。