随着我国基础研究的发展，基础研究的管理工作日益受到社会各界的普遍关注。高等院校作为我国基础研究的主体，其基础研究项目的管理水平直接影响到我国基础研究的发展。本文从基础研究管理部门的角度，对高等院校自然科学基础研究项目(以下文中均简称为高等院校基础研究项目)绩效评价体系进行研究，力图通过此项研究促使高等院校基础研究整体水平的提升，促进高等院校基础研究管理效率的提高，使高等院校更好地发挥“科学研究、人才培养和服务社会”的职能。本文对高等院校基础研究项目绩效评价概念进行阐述，对国内外研究现状进行分析的基础上，从而指出我国高等院校基础研究项目绩效评价的现实意义。重点研究了高等院校基础研究项目绩效评估的主体、目的以及指标，并根据我国基础研究管理的特点在广泛调研和充分分析的基础上形成了较完整的评价指标体系，建立了高等院校基础研究项目绩效评估的方向性、先进性、实用性、时效性四个评价指标，并通过模糊数学综合评价的方法对高等院校基础研究项目绩效进行评价，并对结果的可行性进行了实证分析和验证。文章最后从本次研究的整体架构以及评价方法等方面对研究的局限性进行了分析，并从建立基础研究绩效评价体系的标准、建立基础研究绩效评价体系的专家系统以及对评价结果进行数据统计和数据挖掘等角度对未来的研究方向进行了展望。