在保护生物学研究中,主要组织相容性复合体(MHC)基因的遗传多样性受到人们的广泛关注。研究人员认为哺乳动物和鱼类的MHC与抗病能力、配偶选择和亲缘识别有关,而越来越多的研究也显示,MHC基因在鸟类机体活动中起到的作用与哺乳动物一样丰富。MHC基因在许多鸟类中表达,在机体内,其数量和结构都具有变异性,然而,MHC基因是如何影响鸟类行为方面的研究并不深入。本文对云雀MHCII类B基因第二外显子的多态性进行了研究,这为研究人员对鸟类的深入探索提供参考数据。采自内蒙古的云雀10个个体血液样本,用于MHCII类B基因第二外显子多态性研究。首先提取血液基因组,对云雀目的基因PCR扩增后进行SSCP基因分型,共得到15种基因型,命名为A—O,研究发现SSCP带型复杂,为明确具体的等位基因条数,所以试验选择大量阳性克隆测序。成功测定197条序列,长度均为213bp,利用BioEdit v7.0.5.3、ClustalX v2.0编辑序列并进行序列比对,在所有197条测序结果中共得到55条独特序列,其中经证实的序列(相同序列至少在两个个体中出现)23条,通过对等位基因分布的研究,可推测云雀至少含有6个基因座位。通过MEGA软件及DnaSP软件分析可知,在55条独特序列之间的平均遗传距离为0.2252±0.0161,核苷酸多样性水平为0.22517,在这些序列中共发现130个核苷酸多态位点,中性检验(Tajima’s检验)D=-0.72507,P>0.10,说明存在非中性进化。而其中23条已被证实的序列之间的平均遗传距离为0.2219±0.0169,核苷酸多样性水平0.22192,在这23条序列中共发现118个核苷酸多态位点,中性检验(Tajima’s检验)D=-1.06244,P>0.10,说明存在非中性进化。利用PAML14.4程序包中的CodeML软件分析,正向选择模型M2a和M8都检测到4个正向选择位点(贝叶斯后验概率大于99%)。测序结果分析得出的结论与SSCP基因分型方法研究出的目的基因多态性结果一致,都证明了云雀MHCII类B基因第二外显子具有高度多态性。