我国市场经济的快速发展为中小企业的发展提供了巨大的机会,近几年,中小企业获得了较大发展的机会、形成了巨大的规模,对我国经济的影响越来越大,我国社会的发展也越来越需要中小企业的支撑。同时,随着市场竞争的日益激烈和新技术的日益发展,中小企业要提高核心竞争能力、维持持续竞争优势、避免淘汰,必须更快的、不断地、更有效的进行创新、开发新产品,中小企业不能“单打独斗”,必须获得外部资源,中小企业产学研合作是一个不错的选择。然而,中小企业存在资金少、技术创新不足、人才稀缺等先天性的劣势,在产学研合作中,中小企业出现了许多不稳定的问题,使得中小企业产学研合作经常处于短期性、盲目性、临时性、低效率、低效益、高风险状态,大大阻碍了中小企业产学研合作效率的提升。在产学研合作中,合作不稳定的首要表现是合作伙伴的选择问题上,本文运用GS算法、诺贝尔经济学奖2012年度获得者提出的最新理论：稳定匹配市场设计理论,研究中小企业产学研合作中产业方与学研方选择合作伙伴的匹配机制,试图使产学研合作双方达到长期、稳定的效果：在产业方选择学研方、学研方选择产业方之后,没有别的理由、动机选择其他的合作伙伴,与其它的合作伙伴相比,当前的合作伙伴,产业方和学研方都得到了自己不会更低的满意程度的合作伙伴,即帕累托效率状态。首先,以GS算法为基础,分析中小企业产学研合作匹配应用GS算法的可行性,得出产业方和学研方合作稳定匹配的存在性；其次,从中小企业产学研合作的特殊性出发分析完全匹配下GS算法存在的问题：博弈行为、策略行为、学研方没有偏好排序列表,因此对GS算法进行了修正,即修正的GS算法,同时,引出了集中信息交流中心——一个集中处理产业方和学研方偏好排序的地方,其全部交易流程由电脑来处理,中小企业与高校和院所需要做的仅是把自己的偏好排序输入到电脑上；最后,对中小企业产学研合作的环境进行了设计,包括有：政府的政策法规、中小企业科技中介机构的信息渠道、金融机构的资金支持、产学研合作双方自身能力的提升。