目的 分析中国主要疫区狂犬病毒的遗传学特征，了解中国狂犬病毒的流行株与目前使用的人用、兽用狂犬病疫苗株的差异，为有效控制狂犬病疫情提供科学依据。 方法 对2004-2005年采自我国狂犬病主要疫区河南、江苏、湖南、广西、贵州等5省的1074份犬脑、猫脑及其它组织样品，以免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验、反转录—巢式聚合酶链式反应检测狂犬病毒抗原；阳性样品悬液接种鼠脑分离病毒；对病毒核蛋白、糖蛋白及伪基因克隆测序后以DNAStar及MEGA生物信息学软件进行遗传学分析。 结果 分离到20株狂犬病毒，序列分析表明20株病毒均为基因1型狂犬病毒；其中具有代表性的6株病毒与我国现在使用的各种疫苗在基因和蛋白质水平上均存在不同程度的差异，与我国人用疫苗株CTN同源性较高；系统发育树表明，我国主要疫区的狂犬病毒与泰国、印度尼西亚、马来西亚等东南亚狂犬病毒株处于同一分支。 结论 我国主要疫区宿主动物狂犬病毒携带率为2.1％～5.1％；我国的狂犬病毒仍为基因1型狂犬病毒，可以明确分为三个基因亚型；当前狂犬病毒流行株与人用、兽用狂犬病疫苗株在基因和蛋白质水平出现的多处变异可能会导致流行株毒力的增强以及疫苗对它们的保护效果降低。