致病菌流行使全球承受巨大的健康和经济负担,是目前亟需关注和解决的公共卫生问题。其中,鲍曼不动杆菌、艰难梭菌和粪肠球菌是常见的致病菌,可通过医疗器械或粪-口途径引起院内感染,造成呼吸道、肠道、泌尿系统甚至中枢神经系统感染,严重威胁患者和医护人员健康。近年来,国内外针对致病菌的研究主要集中在细菌耐药、毒性增强和耐药基因扩散等重要科学领域。随着测序技术的发展、测序成本的下降,完成测序细菌基因组、甚至完整拼接的基因组,数量呈指数级增长。人们逐渐从对细菌的认识逐渐从单一基因组转移到群体遗传多样性,这也导致了泛基因组概念的提出。通过泛基因组学研究,我们可以获得更全面和系统的物种基因集信息,深入了解细菌耐药和毒力基因的进化过程、预测进化分歧过程,从而建立新的细菌研究范式。本研究中,我们首先建立细菌泛基因组分析流程,其次结合临床收集的菌株测序数据及公共数据库中的基因组数据,最后在鲍曼不动杆菌、艰难梭菌和粪肠球菌为代表性的菌株的毒力基因、耐药、分型等方面展开泛基因组学的研究,得到了新的结论。本研究中,我们发现了鲍曼不动杆菌的克隆进化分支Clade 4,其在临床广泛分布,该菌的基因组包含了一个编码OprD家族蛋白的基因,随后被课题组其他成员鉴定与毒力密切相关。在本研究中,我们还了发现艰难梭菌高毒性A-B+类菌株的分子分型,类别在2011～2019年间出现了明显的增长,且这种细菌出现在了新的细菌亚型ST360和ST361中。同时,我们还发现血来源的粪肠球菌和胃肠道来源的粪肠球菌在fsr群体感应系统方面的基因比例和基因岛模式之间存在较大差异。其中,血来源菌株的fsr基因比例较高,基因岛模式为Cluster Ⅰ;胃肠道来源菌株的fsr基因比例较低,基因岛模式为Cluster Ⅲ。综上,我们利用本地构建的细菌泛基因组分析流程,对临床常见感染性细菌的泛基因组特征进行了深入研究,以期为临床加深对该菌的理解和改进临床治疗策略提供更多依据。