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云南省位于我国西南边陲,与东南亚国家相邻,HIV-1由周边国家多渠道传入,并呈现基因亚型/重组亚型分布复杂、多种基因型共同流行、新型重组持续发生的流行特征。因此,云南省一直被认为是中国HIV流行最为严重的地区,也是HIV感染和传播的中心。随着经济全球化的发展,跨境流动人群极大地促进了地区间经济发展,也增大了病毒传播和不同基因亚型病毒交流的机会。加之,HIV传播方式由静脉注射毒品逐渐转变为以性传播方式为主,使得HIV的感染和流行对女性的影响尤为严重。随着高效抗病毒疗法的推广使用,延长了艾滋病人的寿命,降低了艾滋病的发病率和死亡率,而机会性感染成为HIV病毒感染者发病和死亡主要原因。HCV和HHV的感染是AIDS患者中最常见的两种机会性感染。本研究对云南省HIV感染的人群中进行HCV、HHVs感染情况进行调查并阐明该人群中两种病原体流行株的感染和基因特征。对云南省731例HIV感染者中检测到85例HCV感染,感染率约为11.6%。该人群中有8种基因亚型共同流行,依次为3b(28.4%)、6n(24.7%)、3a(16.1%)、1a(12.3%)、1b(6.2%)、6u(6.2%)、6v(4.9%)和6a(1.2%)。与HCV单纯感染的毒株相比较,发现HIV/HCV合并感染者与HCV单纯感染者中HCV基因亚型的分布相似,但HIV/HCV合并感染者中6型所占比例增加,包括6a、6n、6u和6v多种亚型,未见2型病毒流行。所有HCV样本进行同源关系分析,结果显示,大多数HCV样本株与云南本地流行株以及有东南亚国家的流行株有较近的亲缘关系。而且,不同HIV-1亚型与HCV亚型之间存在一定关联性,CRF01_AE感染样本中主要流行HCV三种基因型(1、3和6型);CRF07_BC感染者中主要流行1型和3型,并未感染6型HCV。其次,对121例云南省HIV-1感染人群中发现HHVs感染人数为108例,共感染率约89.3%,其阳性率高于对照组(62.2%)。HIV/HHVs合并感染者中最常见的病毒是HSV-2(65.3%)和HSV-1(59.5%),而HHV-8(28.9%)和HHV-6(20.0%)在对照组中是最常见。统计分析表明,HSV-1(p<0.001),HSV-2(p<0.001)和EBV(p<0.01)在两组之间存在显著差异。与对照组相比,HIV感染可能与多种HHV合并感染相关,尤其是超过2种不同HHV的共感染(P<0.001)。此外,HHVs与HIV感染之间存在显著正相关,可能与几个因素有关:年龄、婚姻状况、CD4细胞计数和当前高效逆转录抗病毒治疗方案。此外,我们对181例HIV女性感染者,包括HIV-1已知感染途径91例,未知感染途径90例,进行了HIV-1基因型分析。结果发现,该人群中主要流行的基因亚型为CRF01_AE和CRF08_BC,其次为B、C、CRF07_BC及其他B/C重组。对主要流行亚型进行同源关系和起源进化特性分析发现,该人群中流行毒株在进化树中与已报道的性传播毒株显示较近亲缘关系,并在亚型树中普遍分布。研究结果提示近年来女性感染者在HIV的传播的流行其重要作用,应被重点关注。综上所述,本论文阐明了云南HIV感染人群中HCV与HHVs的分子流行特征,同时阐明了HIV-1在女性跨境人群中的流行特征。研究发现HIV感染者中的HCV和HHVs的感染与单纯感染都存在明显区别:HCV更倾向于6基因型(包括6a、6n、6u和6v)的感染;HHVs更可能同时存在多种病毒的感染和流行。同时,还揭示了在HIV防控工作中需要更加重视女性感染。本研究的结果将为云南地区HIV的治疗以及预防策略的制定提供直接的数据支持。