2012年，国家发展和改革委员印发了《国务院关于深化流通体制改革加快流通产业发展的意见》，表示我国流通产业为适应新形势下经济社会发展需要，要加快推进流通产业改革发展。处于转型期间的农产品流通企业，根据企业转型升级能力来选择合适的流通模式。但与发达国家相比，我国农产品流通行业起歩较晚且发展慢、流通基础设施不完善、信息化水平不够，企业在选择流通模式时受到内外因素的影响。因此，本文选择农产品企业转型升级能力与流通模式作为研究对象，深入研究影响农产品流通模式的农产品企业转型升级能力的影响因素，分析两者之间的作用关系，揭示农产品企业转型升级能力对农产品流通模式选择的重要性，通过完善两者的合理匹配来推动农业的发展。本文主要是农产品流通企业转型升级能力与模式耦合研究。首先，在文献研究的基础上，对农产品流通企业转型升级能力进行界定，并从内部和外部两个方面阐述了农产品流通企业转型升级的动力因素；其次，从农产品流通水平和环境支持能力两个方面28个指标构建了农产品企业转型升级能力评价指标体系，以我国31个省、自治区和直辖市为研究对象，以SPSS19.0为分析软件，采用主成分分析法研究了影响农产品企业转型升级能力的主要因子，通过聚类分析，了解了我国农产品企业转型升级能力的区域分布；然后，在分析企业转型升级能力与流通模式耦合原则的基础上，构建了农产品企业转型升级能力与流通模式耦合框架；再者，利用耦合度公式和耦合协调度公式对我国31个省、自治区和直辖市的农产品企业转型升级能力与流通模式进行耦合评价，根据耦合结果进行区域分类，并结合农产品企业转型升级能力区域分类情况进行分析；最后，针对各区域农产品流通企业的共性，提出农产品企业流通模式对策建议。本文研究结果显示，基础设施能力、科学技术能力、经营能力、规模能力、创新能力是对农产品企业转型升级能力影响最大的五个因子；资源水平和政策支持是影响流通模式影响最大的两个因子。我国31个省、自治区和直辖市因农产品企业转型升级能力与流通模式耦合效果的差异可以划分为良好协调发展、中级协调发展、初级协调发展、中度失调发展、严重失调发展五大区域。各区域应该根据自身的发展水平和特点，选择合适的流通模式，促进农产品流通行业的长远发展。