由于全球经济的不断扩张,使全球能源、环境等方面均遭受到了一定的损害。能源安全与能源独立是各国经济发展的保障,多元化的能源结构是各国能源战略的主要目标。鉴于生物燃料产业在经济、社会、环境、能源等方面的优势,生物燃料自然而然成为了多元中的“一元”,各国纷纷制定实施补贴措施以推动生物燃料产业的发展,其中尤以美国、巴西以及欧盟的生物燃料产业发展最快,它们所制定的生物燃料补贴措施也具有一定的代表意义。但生物燃料的发展并不像人们最初设想的那样具有完全的积极影响,它同时具有影响粮食价格、破坏生态环境的消极影响,给粮食安全以及环境之间的平衡带来了威胁。在生物燃料产生的问题中,核心问题是补贴问题。各国的生物燃料补贴措施在推动生物燃料产业快速发展的同时,其中某些补贴方式也在一定程度上扭曲了世界贸易的正常运行。如何平衡自由贸易与生物燃料补贴措施之间的适用关系,成为当前生物燃料补贴问题的核心与焦点问题。本文以期能够在分析生物燃料补贴措施与WTO适用性的基础之上,提出我国生物燃料补贴体系的构建建议。首先对生物燃料产业的现状进行分析,并引出生物燃料产业的补贴问题；其次,在探讨世界主要国家生物燃料补贴措施的基础之上,以生物燃料的生产、经营链为主线,对各国生物燃料的补贴措施进行相应的分析；再次,对生物燃料补贴措施与WTO相关法律法规之间的关系进行分析,特别是《农业协定》与《补贴与反补贴协定》。最后,在分析我国发展生物燃料产业优劣势的基础之上,提出如何构建我国的生物燃料补贴机制,建议应当根据生物燃料生产链,根据不同的生产阶段补贴对象的不同,采用不同的补贴方式,以建立符合我国基本国情的生物燃料补贴法律体系,从法律层面上推动我国生物燃料产业的发展。