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目的:了解福建省沿海某自然村丙型肝炎病毒(HCV)感染的流行病学特征及其HCV株基因特点,探讨与HCV感染相关的危险因素及可能的传播途径。方法:以该自然村所有自愿参加调查村民为对象,进行HCV感染相关素的问卷调查。同时采集被调查者血清,检测抗-HCV与HBsAg,RT-PCR扩增抗-HCV阳性者血清HCV NS5B片段基因,测序结果与来自Genebank的参照序列构建系统进化树对HCV进行基因分型,描述其基因序列同源性。结果:调查并抽取血样1009人,抗-HCV阳性率28.15%(284/1009);HBsAg阳性率16.25%。女性抗-HCV阳性率较男性稍高(30.56% vs.25.22%),但差异无统计学意义。抗-HCV阳性率随年龄增长而上升,最低为≤10岁年龄组2.14%(3/140),最高为50～60岁年龄组56.70%(55/97),抗-HCV阳性率在各年龄组中分布有显著性差异(P<0.001)。未婚者抗-HCV阳性率3.35%(13/388),已婚者阳性率为43.64%(271/621),差异有统计学意义(P<0.001,OR=22.34)。无明确家族史抗-HCV阳性率为20.70% (95/459) ,有家族史者阳性率为34.36%(189/550)(P <0.001,OR=2.01),其中配偶感染HCV者抗-HCV阳性率达69.18%(110/159)。Logistic多因素回归分析结果显示年龄>30岁、配偶、儿女、兄妹感染HCV的家族史及在乡村诊所拔牙治疗史是HCV感染独立的危险因素。284份抗-HCV阳性样品经RT-PCR扩增、基因测序成功108份样品,主要为1b 88.89%(96/108)和2a 11.11%(12/108)两个基因亚型,未发现有其它亚型存在,在亚型内大部分感染的HCV基因具有高度同源性。与参照序列相比较,该自然村的HCV感染株与来自中国大陆、台湾、日本的HCV基因同源性较高。结论:该自然村抗-HCV阳性率为28.14%,基因型以1b亚型为主,部分为2a亚型,感染者之间HCV基因存在高度同源性。年龄和HCV感染家族史为HCV感染相关的独立危险因素。但该自然村HCV感染的主要传播途径尚有待进一步研究。在传播途径不明的现实背景下,对现有的HCV感染者实行规范的抗病毒治疗是有效控制HCV进一步扩散重要手段。