人类妊娠中期胎儿主要组织中RNA m~6A修饰图谱建立

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m6A甲基化修饰是真核生物的mRNA和lincRNA上最为普遍的表观修饰,在从酵母到人类的多个物种中都保守存在。m6A受甲基化酶METTL3/METTL14和去甲基化酶FTO/ALKBH5的密切调控,并能被YTH家族蛋白等识别。m6A可以调控信号转导、mRNA的翻译、降解、可变剪接和miRNA加工等多个生理过程。m6A的失调会引起干细胞多能性变化,胚胎发育异常,甚至引起癌症的发生。围绕m6A修饰的研究将为相关领域提供理论依据和重要线索。目前针对m6A的研究多在体外培养细胞中进行,对于在体的m6A,尤其是人类的不同组织的m6A研究很少。因此,我们对人类各主要组织中RNAm6A的分布和功能进行了研究。首先,我们采集了人类胎儿的21个组织样本,涵盖了主要的八种组织类型:脑、肝、肺、肾、心、胃、胎盘和骨骼肌。通过我们改进过的全RNA免疫共沉淀方法,结合二代测序技术,得到各组织中的m6A全转录组分析结果。在各组织中一共测得了 90644个m6A峰(m6A peaks,m6As),其中超过一半的m6A峰是首次发现,这些m6A所在基因与组织发育密切相关。与已发表的大脑mRNA m6A测序结果相比,我们的全RNAm6A测序结果显示,各组织中许多m6As位于内含子和基因间区域。接着,为了研究m6A甲基化的动态特征,我们进一步分析了 m6As在人体组织中的差异。通过检查组织差异m6As的基因组分布,发现大约一半的组织差异m6As存在于内含子中,提示剪接等共转录过程可能与组织差异m6As有关。随后我们检查了组织差异m6As与宿主基因表达水平的关系,发现与组成型m6As相比,组织差异m6As的宿主基因在所有被测组织中表达水平均较低。组织差异的m6As所在基因与组织相关的发育过程等功能相关,表明m6A可能在细胞分化和器官发育中发挥作用。最后,已发表工作中主要研究的是mRNA上的m6A,对lincRNA上m6A研究较少。因此我们对各组织中lincRNA上的m6A进行了研究。我们发现肾脏、胎盘和大脑含有最丰富的lincRNA m6As。具有m6A的lincRNA更可能有可变剪切。e-lincRNA是一类由增强子转录的lincRNA,通过分析我们发现,在大多数组织中,一半以上的e-lincRNA被m6A修饰,这些结果提示m6As可能与eRNA功能有关。我们通过对具体的人类样本的m6A研究,获得了人类各组织中的m6A全转录组分析、组织差异m6As的基因组分布、e-lincRNA上m6A富集情况等数据。这些研究成果填补了这些年人类组织m6A研究的空白,丰富了人类组织中m6A的信息,对接下来m6A领域的研究有启发和推动性的功能。
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