本论文包括三部分： 第一章：对爬行动物线粒体基因组的研究进展进行了综述。 第二章：首次报道铅色水蛇的线粒体基因组。 采用长片断扩增和PCR引物步移测序等方法，测定了铅色水蛇(Enhydris plumbea)线粒体基因组全序列，主要结果如下： (1)序列全长为17397bp，其基因组成和顺序、基因的方向即编码链的选择、碱基G的低含量和对碱基T偏好以及GC和AT偏斜与大部分蛇亚目动物相同。 (2)蛋白编码基因第三编码位置表现为对碱基A的偏好。 (3)蛋白质标准终止密码子(TAA)只有2个，较大部分蛇亚目动物为少。 第三章：大壁虎的线粒体基因组全序列和蜥蜴亚目(包括蚓蜥附目)的系统发生。 有鳞目内部各类群之间的系统发生关系一直存在很大的争议，基于形态学的不同特征，产生不同的拓扑结构。大壁虎线粒体基因组成和排列顺序为典型的脊椎动物线粒体组成。把大壁虎的线粒体全序列与其他13种有鳞目动物的线粒体全序列相比，大壁虎的线粒体基因组结构特征具有一些原始的结构特点。在此，我们把大壁虎的线粒体全序列与已发表的其他13种有鳞目动物的线粒体全序列结合起来分析有鳞目中各大类群之间的系统发生关系。基于14种有鳞目动物和其他6种爬行类动物的线粒体全序列进行系统发生关系的分析，表明有鳞目为单系，并与其他爬行类动物组成姐妹群。系统发生分析的结果表明壁虎类与蚓蜥类亲缘关系最近，组成姐妹群，而蛇类位于整个有鳞目的基部，但是这种系统发生的位置关系与形态学分析是不一致。