性分化前后雌雄鸡胚中差异表达miRNA的鉴定与分析

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鸡是一种重要的农业动物和模式生物。目前鸡的性别决定及分化机制尚未明确。近年来性别决定的体细胞自主性假说认为,个体性别早在性腺分化前已决定。基于此观点及mi RNA在动物发育中的重要调控作用,本研究采用二代高通量测序技术鉴定性分化前后(孵化2.5天和4.5天)鸡胚中表达的mi RNA,对测序结果进行了一系列的表达特性及靶基因功能分析,并采用定量PCR方法验证部分差异表达mi RNA,以期在mi RNA水平寻找鸡性别决定的早期作用因子,为进一步对重要候选mi RNA的深入研究提供基础资料。本研究获得的主要结果如下:(1)使用mi RDeep*将mi RNA比对到鸡基因组上,结果表明各样本中mi RNA种类在各染色体上的分布相似,但2.5天雄性鸡胚中Z染色体mi RNA种类比雌性多;通过多数据库序列比对,在2.5天雌、雄及4.5天雌、雄样本中分别鉴定出1687、1791、1288和1355个mi RNA,其中已知的鸡mi RNA分别为388(2.5d-f)、405(2.5d-m)、336(4.5d-f)和322(4.5d-m)个。(2)使用DESeq分别对2.5和4.5天同时期雌雄样本的已知mi RNA进行差异表达分析,共发现42个差异表达显著的mi RNA,其中有3个mi RNA在两个时期持续差异表达:gga-mi R-2954为雄性高表达,gga-mi R-6606-5p为雌性高表达,gga-mi R-6552-3p由雄性高表达转为雌性高表达。(3)对42个差异表达mi RNA进行靶基因预测和靶基因的GO基因功能富集分析和KEGG信号通路分析,发现wnt信号通路、泛素介导的蛋白水解,TGF-β信号途径,聚焦粘附,血管平滑肌收缩通路,MAPK信号通路等可能参与性别分化。在2个时期均富集显著的GO分类有20个,这些GO大致分为这几类:关于磷的代谢、基因表达调控、生物合成调控、发育、蛋白与酶的活性。(4)采用荧光定量PCR技术对16个mi RNA进行了表达验证并与测序结果进行比较,结果表明2.5天和4.5天分别有13和10个定量结果与测序结果的差异趋势基本一致。
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