在现代经济发展中,资本配置是整个资源配置的核心,主要通过外部资本市场和内部资本市场进行。在新兴市场经济中,外部资本市场欠发达的时候,内部资本市场在资本配置、信息对称、激励和监督方面比外部资本市场更具有效率。此外,自LLS(1999)研究结果发表以来,越来越多的学者通过实证研究方法和事件研究方法验证了这一结论,即在大多数国家中,公司存在终极控制股东。终极控制股东为了满足自身的利益需求,通过内部资本市场进行资源的配置。所以,本文选择从终极控制股东两权分离度对内部资本市场配置效率影响进行研究。本文对内部资本配置效率和终极控制股东的文献进行回顾与评价,并且对中国现状进行描述,进一步突显文章研究意义。选取了2004年—2008年上市公司公开发布的数据作为样本,采用间接方法测量内部资本市场配置效率,并采用三种方式描述终极控制股东两权分离度,建立回归模型进行实证研究和分析。通过研究发现,当公司采用多元化经营战略的时候,将会降低内部资本市场配置效率。这也就是说,在中国,采用多元化经营战略的上市公司并不能利用内部资本市场进行有效的财务资源配置。对采用多元化战略的上市公司进行研究,终极控制股东的两权分离度对内部资本市场配置效率存在负相关关系,即终极控制股东的两权分离度越高,则会降低内部资本市场配置效率。由于C类制造业占总样本的50.4%,影响总样本中终极控制股东的两权分离度对内部资本市场配置效率的判断,所以分行业进行分析研究。通过对各个行业的研究表明,仅在A类农、林、牧、渔业,D类电力、煤气以及水的生产和供应业和G类信息技术业中,终极控制股东的两权分离度与内部资本市场配置效率之间呈正相关关系,其他行业均呈现负相关关系,这表明终极控制股东对内部资本市场配置效率的影响受到行业特征的影响。最后,根据研究结论,提出相关的对策建议,并指出文章研究的不足和未来研究的方向。