新型农村合作医疗制度是我国社会保障安全网的重要组成部分，它的发展与社会的和谐稳定息息相关。而新农合制度的良性运行，离不开制度的健全和完善。参合农民作为制度作用的主体，他们的权益保障问题直接关系到制度目标的实现与制度的运行效果。为了深入了解参合农民的权益保障水平，进一步完善新农合制度设计，促进新农合制度的可持续发展，本文通过研究参合农民权益保障水平的现实情况，分析影响参合农民权益保障水平的制约因素，并根据这些因素提出相应的建议。　　 本文采用问卷调查的方式，通过因子分析将反映权益保障水平的8个指标分为就医服务、就医费用与就医质量三类；将自变量细化为两个层面的变量：制度设计、制度执行。并在此基础上提出研究假设。通过线性回归分析得出：财政补贴力度、补偿范围、门诊补偿(比例、封顶线)、资金管理水平、监管力度、费用收取(药品价格、检查费用)、诊疗行为规范程度影响参合农民的权益保障水平。针对这些制约参合农民权益保障水平的因素，本文提出了五点建议：合理分配城乡医疗资源，方便参合农民就医；完善新农合制度设计，提高参合农民的权益保障水平；完善新农合基金管理，促进农合基金有效运营；加大对医疗机构的监督，控制医疗费用的不合理增长；提高基层医疗机构服务质量，深化农村医疗卫生体制改革。