高新技术产业在当前对国家或地区经济的发展体现出越来越重要的作用,其作为引导区域经济结构转型和支撑世界经济发展的主导产业,一直是国内外学者的研究焦点。依托高新技术发展起来的高新技术产业,技术创新是其发展的最重要引擎,创新能力直接决定着高新技术产业的竞争能力。近些年,我国高新技术产业创新得到重视,创新投入不断提高,创新水平也在一定程度上有所提升。不过,一方面我国高新技术产业的创新资源有限,要想实现持续的创新,在增加创新资源投入的同时,要注重创新效率的提高。另一方面,我国各区域高新技术产业发展不平衡,创新资源投入和创新效率相差较大,如何评价并有针对性的提高各个区域的创新绩效是一个重要问题。本研究基于对高新技术产业的创新和效率理论的国内外相关文献综述,并根据高新技术产业创新的两阶段过程,将技术创新效率进一步划分为研发效率和成果转化效率,并界定各个效率的概念范围。通过分析高新技术产业创新的两阶段投入产出要素,相应构建了研发阶段和成果转化阶段的输入输出指标,结合主成分分析和DEA模型分别对我国27个地区的高新技术产业的研发效率和成果转化效率进行实证分析。通过实证分析,本研究发现我国大部分地区的创新绩效处于较低水平,即研发效率和成果转化效率均不高。从技术研发方面来看,导致多数地区技术无效的原因主要来自规模无效,绝大多数地区处在规模收益递增的阶段,表明这些地区的仍有很大的发展潜力。从成果转化方面来看,技术效率偏低的地区主要集中在经济发展水平不高以及市场开放程度较低的内陆地区。本文结合聚类分析,依照不同区域创新绩效水平将我国高新技术产业划分为四大区域,并分别进行了具体的分析。最后,本文先从投融资环境、税收政策、知识产权和人才保护机制、对外贸易合作、政府支持五个方面对提高高新技术产业创新绩效进行论述,再针对四大区域提出相应的对策建议。