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肿瘤的死亡率仅次于心血管疾病,对人类生存与健康构成了巨大的威胁。DNA甲基化可以调控基因的表达,5-氮杂-2-脱氧胞苷(5-aza-2-deoxycytidine,AZA)作为DNA甲基化转移酶抑制剂可以抑制基因的DNA甲基化,诱导被甲基化的基因表达。AZ具有明显的抗肿瘤作用,是一种白血病临床治疗药物。最新研究表明,AZA抗肿瘤的机制是激活抑癌基因和依赖双链RNA的先天免疫相关基因。然而,是否存在其他机制,目前尚不清楚。反义RNA是一种与已知基因正义RNA链互补的内源性转录本,作为一类重要的调控因子,可在转录水平或转录后水平参与基因的表达调控。虽然不少证据显示许多基因具有反义RNA,包括与癌症相关的基因,但大部分反义RNA的功能以及反义RNA在癌症治疗中的作用,相关研究仍相当欠缺。本研究首先构建了人肝癌细胞的双链RNA(dsRNA)文库,然后从中挑选一些具有代表性的dsRNA进行更深入的研究,以揭示dsRNA是否介导AZA的抗癌作用。主要的研究方法与结果如下: 1.双链RNA文库的构建:通过DNA甲基化转移酶抑制剂AZA处理人肝癌细胞,以构建双链RNA(Double stranded RNA,dsRNA)文库。实验组用溶解于DMSO的AZA处理人肝癌HepG2细胞,而对照组仅用DMSO处理。处理48小时后分别提取总RNA,经DNA酶处理后进行反转录形成cDNA,然后进行RNA酶处理,体外杂交形成双链DNA,以及单链DNA酶处理,最后通过高通量测序获得dsRNA文库的序列。数据表明,一共筛选到2364个基因的dsRNA,其中实验组2066个,对照组843个。其中,545个为实验组与对照组共有(相对于对照组,实验组有391个为上调,154个为下调)。 2.通路分析:分析结果表明,在未经AZA处理的HepG2细胞中,能够形成dsRNA的基因主要富集在代谢和增殖相关通路,尤其是‘Protein processing in endoplasmic reticulum’和‘Cell cycle’路径。而在AZA处理的HepG2细胞中,dsRNA除了分布在与对照组细胞共有的路径外,还分布于其他信号通路,如与癌症发生发展相关的信号通路(Pathway incancer、TGF-beta signaling pathway、pancreatic pathway)、与细胞生长相关的通路(Hipposignal pathway)。其中,dsRNA富集最多的是癌症相关通路(Pathway in cancer),其次是亨丁顿舞蹈症(Huntingtons disease)和内质网(Protein processing in endophsmic reticulum)蛋白修饰相关通路。 3.双链RNA文库验证:从上述双链RNA文库中挑选出一些代表性反义RNA的基因,抑癌基因第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源物基因(PTEN)和先天免疫相关基因信号转导及转录激活因子1(STAT1)基因、Ras样原癌基因B(RALB)和致癌基因MET、癌相关基因CD44和热休克蛋白A4(HSPA4)。采用链特异性RT-PCR鉴定细胞中这六个基因是否存在反义RNA。结果表明这六个基因都存在正、反义RNA的表达,有力地证明了上述双链RNA文库构建的有效性。 4.反义RNA介导AZA的抗癌作用:采用实时荧光定量PCR法分析上述六个基因(PTEN、STAT1、RALB、MET、 CD44、HSPA4)正、反义RNA的表达情况。结果表明AZA激活了这六个基因的反义RNA表达(P<0.01)。同时,AZA促进了抑癌基因PTEN和先天免疫相关基因STAT1的正义RNA表达(P<0.01,P<0.001)而癌相关基因CD44和HSPA4的正义RNA表达受到明显抑制(P<0.01)。 综上所述,双链RNA文库的构建为研究反义RNA在肝癌发生中的作用及机制提供了重要资源。通过对文库中代表性反义RNA的深入研究,不仅证实了AZ原有的抗癌机制,即AZA可激活抑癌基因和先天免疫基因的表达,而且揭示AZ可通过激活反义RNA,抑制致癌基因和癌相关基因表达的抗癌新机制。