在我国,公共财政改革在国家发展进程中,拥有着不可替代的地位。这是因为,财政改革是影响国家前途和民族命运最深远的改革之一。当前,我国市场经济进入新的发展阶段,经济的快速增长推动了公共财政管理体制的改革进度,并对财政资金科学化、精细化管理提出了更高的要求。尤其是随着农业农村发展、生态环境保护、科学技术发展等领域专项资金的投入力度不断增大,各级财政财政管理的手段不断创新,财政资金的撬动作用更大限度地发挥,高效高质利用资金推动相关领域发展。在财政投入特别是专项支出不断增长的情形下,如何更加科学地对财政专项资金进行分配、如何更加高效地对财政专项资金进行使用,使财政投入发挥最大效益,已经成为财政专项资金管理的重点目标。本文通过对平衡计分卡理论相关文献的研究,通过对其他国家关于平衡计分卡应用的经验与教训的借鉴,展开了将平衡计分卡应用于我国政府专项资金绩效评价的相关探索。在对构建以平衡计分卡为模型的财政专项资金绩效评价体系的必要性、科学性、可行性进行剖析的基础之上,本文分析原有平衡计分卡在战略目标、评价主体等方面与财政专项资金特点的不一致性,并根据财政专项资金的战略目标及特点,对平衡记分卡原有的评价体系进行修正,将平衡记分卡原本的四个维度进行调整,用层次分析法确定各指标权重,并探讨其是否能够满足于我国财政专项资金绩效评价的需求。最后本文选取了S市“振兴十大农业特色产业”项目作为平衡计分卡模型的应用研究对象,基于平衡计分卡的绩效评价结果,对该项目资金的绩效评价水平进行评价和研究,证明了基于平衡计分卡的财政专项资金的绩效评价指标体系具有实用性和可操作性。笔者将结合现有的理论知识和实际情况,分析现行财政专项资金绩效评价中的问题,并提供有针对性的意见或建议,希望能为后续财政专项资金绩效评价提供参考,改善行政事业单位的预算绩效管理质量和财政资金使用效率,完善财政专项资金的绩效评价体系,进而实现社会公共服务水平的提升,进一步推动社会事业的持续健康发展。