随着我国科学技术的不断创新,以研究和创新为主的高等教育学校逐渐成为科技进步和社会发展的重要力量。我国对高校的研究创新也越来越关注,并且投入了大量的科研资金。伴随着科研资金的增加,其相关问题也越来越凸显,社会层面对此也越来越关注。科研资金如何分配,如何利用才能做到公平、公正,如何监管才能保证其有效合理的使用,如何评价才能对广大科研工作者及其项目进行效益评估等等,都是现在急需解决的问题。2005年以来,从国务院颁布《国家中长期科学和技术发展规划纲要》开始,我国在加大科研经费投入的同时,也加大力度管理科研经费的相关支出。纵使我国高校的各部门对科研经费的管理职能较明确,其管理的内容也较清晰和完备,但绝大多数也只是严格执行教育部、财政部的有关规定。由于科研经费的灵活多变,这种监管力度对于我国高校科研经费的使用现状来说还远远不够,许多现实问题没有得到解决,例如科研经费的滥用、挪用、低产出等等。在2012年10月,中国财政部、科技部发布了《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》,其核心内容即是增强预算编制、严格评估审查,结余资金规定上交。在现实情况中,许多科研经费却装进了研究人员自己的腰包,但在我国现行科研制度下,科研经费的这种流失又是必然的结果。在借鉴国外科研经费管理模式下,制定规范、统一的科研经费管理办法才是解决我国高校科研经费使用问题的根本途径。本文分为七章,各章主要内容如下：第一章导论。介绍了科研经费管理的背景和意义以及主要研究思路和框架,并大致介绍了研究发法第二章文献综述。主要从国内外研究文献入手,借鉴了国内外学者对于科研经费管理的观点。第三章科研管理的理论基础。分别对科研经费管理可以运用的理论基础进行了介绍,对各种具体的方法进行了相关描述。主要包括：预算管理理论、绩效评价理论。第四章我国科研经费投入及分配。首先从国家财政科技投入分析我国科研财政环境的变化,继而再探讨高校科研经费的投入。此章通过对国外科研经费的分配模式的研究,对完善我国分配体制总结出了几条建议。第五章高校科研经费实例分析。通过对A高校科研经费的分析,包括学校整体科研课题、纵向科研课题、横向科研课题的经费使用状况,指出其存在的问题。第六章高校科研经费管理现状分析。通过上一章对A高校科研管理经费具体问题的分析,梳理出我国高校科研经费管理现状,从高校各职能部门的作用入手,通过对科研经费预算管理的具体描述,揭示出我国高校宏观和微观上科研管理所存在的问题。第七章高校科研经费管理的相关对策。这是本文的最后一章,通过以上各章的资料贡献,总结出针对我国科研经费存在问题的相关对策。包含：提高科研认识、严格内部控制、加强审计监督、建立效益评估、实行绩效管理、健全问责制度这六个方面的内容。本文的主要贡献与不足：本文主要采用案例与理论分析相结合的方法,在实际操作的结合下,对A.高校科研经费管理进行分析,揭露现今高校科研经费管理存在的具体问题,再运用由以点及面的方法,对我国高校科研经费管理进行具体研究。争取建立起一套可遵循的严谨的科学管理体系及规范控制体系,增加研究资金的透明度,让资金分配过程更透明,更公开,建立起科研经费分配公平公正的运行机制。但本文探讨的问题涉及多学科的知识,要想建立一套科学有用的指标体系,需要有熟练的计量经济学知识,对分析法和信息经济学也需要熟练掌握。此论文由于笔者知识的局限,而未在统计学方面进行过多的分析研究。