目的:长链非编码RNA（long non-coding RNA,1nc RNA）在机体调节发育有关键性作用,lnc RNA表达异常参与许多人类疾病的发生与发展。目前尚鲜有肠组织lnc RNA表达与新生儿坏死性小肠结肠炎（necrotizing enterocolitis,NEC）的相关研究报道,lnc RNA在NEC时肠组织的表达水平的变化情况以及lnc RNA在NEC发生发展过程的作用机制尚不明确。本研究利用二代高通量测序技术研究NEC患儿肠组织与对照组肠组织lnc RNA和m RNA的表达谱的差异,应用生物信息学技术分析高通量测序数据,探索与NEC密切相关的lnc RNA,以及NEC发生发展过程中lnc RNA所发挥的作用,为NEC预防、早期诊断及治疗提供新的靶点。方法:1.新生SD大鼠NEC模型建立。2.对6例肠样本（3例需要腹部手术治疗的新生儿外科病人,为肠狭窄、巨结肠患儿,样本部位发育正常并排除胃肠道炎症及腹腔感染为对照组,3例需要手术的NEC患儿）和6例大鼠肠样本（3例NEC模型组,3例对照组）进行lnc RNA、m RNA高通量测序研究。手术留取的肠样本提取总RNA。采用Illumina Hi Seq平台检测lnc RNA和m RNA表达,通过数据处理后得到NEC组和对照组的lnc RNA和m RNA差异表达谱。3.为了验证高通量测序结果的可靠性,从测序数据中选取差异表达的3个lnc RNA和3个m RNA,应用荧光定量RT-PCR技术,对目标基因进行表达定量分析,并与测序结果进行比较。4.对差异表达lnc RNA的靶基因进行Gene Ontology（GO）分析和KEGG信号通路分析,寻找可能的共同的信号通路。通过Blast将lnc RNA比对到mi RBase寻找潜在的mi RNA前体。对差异表达的lnc RNA靶基因预测,并进行差异lnc RNA和差异靶基因组间互作分析。结果:1.出生2h内大鼠在配方奶鼻饲喂养、低体温和缺氧条件下可诱导出符合NEC临床表现和组织学证据的大鼠模型,LPS灌胃可加重临床表现和组织学病理。2.以表达水平差异2倍以上且t检验Adjusted Pvalue≤0.001作为差异表达的标准。人类NEC组和对照组显著差异m RNA的数目3457个,显著差异lnc RNA的数目5257个。3.从测序数据中选取差异表达的3个lnc RNA和3个m RNA进行q RT-PCR检测,与对照组相比:DUOXA2、OLFM4、REG1A显著上调,lnc-CXCL-1-1-1、ABHD11-AS1显著上调,lnc TLR10-2:1显著下调,与高通量测序结果相符。4.差异表达lnc RNA靶基因GO分析显示,上调m RNA富集的生物进程主要多细胞生物发育的调节、抗菌体液反应、中性粒细胞趋化性、先天免疫反应激活信号转导、炎症反应、细胞因子分泌的调节、调节细胞增殖、Toll样受体信号通路、机体对细菌的反应、先天免疫反应的激活、粒细胞趋化性、脂多糖受体活性等通路。差异表达的lnc RNA靶基因KEGG分析信号通路主要富集在Ig A生成相关肠道免疫系统、FcγR介导吞噬作用、B细胞受体信号通路、PI3K-Akt信号通路、炎症性肠病（IBD）、NF-κB信号通路、Fc epsilon RI信号通路等。NEC模型组的KEGG信号通路主要富集在炎症性肠病（IBD）、吞噬、肾素-血管紧张素系统、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、血小板活化信号通路等。两组样本测序研究后和NEC患儿肠组织及NEC大鼠模型肠组织共同显示与肠病相关的KEGG通路是炎症性肠病。NEC肠组织TTC39C-AS1表达下降,肠组织IL4、IL6、IL17、IL10、IL13、IL1、CCL5、IFN-α表达均升高,提示TTC39C-AS1表达下调可能促进过激的炎症反应。结论:1.新生大鼠在配方奶鼻饲喂养、低体温和缺氧条件下可诱导出符合NEC临床表现和组织学证据的大鼠模型。2.通过RNA-seq高通量测序结果显示NEC患者和对照组肠组织lnc RNA和m RNA表达水平存在显著差异。3.GO分析和KEGG信号通路分析,对差异表达的lnc RNA的靶基因进行功能注释和预测,提示炎症性肠病（IBD）是在调控NEC发生发展过程中可能发挥重要作用的信号通路,而TTC39C-AS1可能在炎症性肠病通路中起重要作用。