我国是荔枝的起源中心，拥有丰富的荔枝种质资源。野生荔枝是荔枝改良利用的丰富基因源，然而至今尚未见对野生荔枝遗传多样性系统研究与评价的报道。本研究分别采集海南霸王岭野生荔枝群体、琼山半野生群体和部分栽培品种的叶片总计66份样品材料，利用SSR标记技术对它们的遗传多样性水平进行了比较分析。获得如下实验结果：1、从32对SSR引物中筛选出22对多态性引物，用其对66份荔枝样品材料进行了SSR标记检测，共检测到52个等位基因位点，平均每个位点等位基因数为2.36；每个群体的平均基因杂合度（H）在0.2960～0.3774之间，Shannon遗传多样性平均指数（I）介于0.4170～0.5566之间，上述参数以野生荔枝群体最高，半野生荔枝群体次之，栽培品种最小。2、37份野生荔枝群体的平均等位基因数为2.36个，平均有效等位基因数达1.6618，遗传多样性指数（I）的平均值是0.5566，表明该群体的遗传多样性较大。根据遗传相似矩阵，用NTSYS软件进行聚类分析，在遗传距离0.61水平上可将野生荔枝材料分为5个类群，其中WL-18、WL-22和WL-47单独成群，具有进一步研究的价值。3、7份半野生荔枝群体的平均等位基因数为2.36个，平均有效等位基因数为1.5829，遗传多样性指数（I）平均为0.5308，可以认为半野生荔枝群体的等位基因的丰富度和均匀度也相对较高，但是其遗传多样性水平低于野生群体。根据遗传相似系数绘制的UPGAM聚类图，以相似系数0.61为阈值可将12份荔枝野生近缘种分为4个亚类。4、22份栽培荔枝品种间的平均等位基因数2.36个，平均有效等位基因数为1.3643，遗传多样性指数的平均值为0.4170。这说明栽培荔枝品种间也存在较大变异，但遗传变异低于野生和半野生实生荔枝群体。用遗传相似系数绘制栽培品种的UPGAM聚类图表明，在相似系数为0.61水平时，22个栽培品种被划分为5个类型。进一步证明利用分子指纹图谱能够对荔枝种质资源进行科学系统的遗传分类。5、 3个不同群体样品遗传相似系数的综合UPGAM聚类结果表明，野生荔枝的基因位点覆盖了整个群体，半野生荔枝群体和栽培荔枝品种分别是从野生群体的局部演化而来，并且半野生荔枝存在明显的遗传分化，在栽培品种的选育中可能起到更直接的作用。这个结果表明野生荔枝、半野生荔枝和栽培品系的演化关系和遗传多样性水平。此外，对荔枝基因组DNA分离与纯化的方法、荔枝种质资源分子遗传多样性分析中存在的问题以及在荔枝基因资源保护中的可能利用途径进行了讨论。