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本研究以分离自四川及重庆的三叶草和苜蓿根瘤菌为研究对象，采用数值分类、BOXAIR-PCR、ERIC-PCR、16S rDNA-RFLP、16S rDNA测序技术，从遗传型和表型两方面，系统地55株未知根瘤菌进行了多样性研究，并初步确定了部分菌株的系统发育及分类地位。 生理、生化性状分析表明，分离自两种宿主的根瘤菌具有某些突出的抗性特征，如耐高温、耐低温、耐盐、耐酸碱及耐某些高浓度的抗生素等。有33株菌对7种抗生素的抗性浓度达300μg／ml，8株菌耐5％的NaCl，有35株菌在4℃的低温下能够生长，2株菌株能够在60℃情况下生长，有40％的菌株可以在pH11.0 YMA培养基上生长，在PH4.0的条件下只有1株可以生长。数值分类的结果表明：所有供试菌株在81％的相似性水平上分为13个表观群。28株三叶草根瘤菌分布在7个表观群中，27株苜蓿根瘤菌分布在5个表观群中，反映了供试菌株表型性状的多样性。总体上说，两种宿主的根瘤菌在属水平上各自聚群的情况较为一致，但是未表现出明显的地理区域性差异。分离自三叶草和苜蓿的多数菌株，分别在89％和87％的相似性水平上，表现出一定程度的地理环境差异，说明环境条件对菌株表型性状有一定的影响。 rep-PCR指纹图谱分析包括BOX-PCR，ERIC-PCR及综合树状图。在87％和89％的相似性水平上，三者分别将全部菌株聚为29，33，37个群，rep-PCR指纹分析的分群结果更分散，除了单独聚群的菌株外，属、种聚群混乱，分群结果与宿主和地域来源没有明显的相关性。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP聚在同一群内的菌株大多分布于几个甚至十几个不同的rep-PCR群内，揭示了供试菌株具有极大的遗传多样性，同时也说明，rep-PCR指纹图谱分析适合于根瘤菌种内遗传多样性研究。综合树状图揭示了菌株之间的更大的遗传差异及菌株的特异性。 所有的供试菌株的16S rDNA PCR-RFLP遗传类型图谱有27种。在75％的相似水平上，除了IAM13129，B33，711，所有供试菌株全部聚群，分为Rhizobium和Sinorhizobum系统发育分支和未知系统发育分支。在91％的相似性水平上，59株供试菌株聚到17个群中。多数分离自雅安和全部分离自西昌的菌株归Sinorhizobium系统发育分支，多数苜蓿根瘤菌归于Rhizobium系统发育分支，还有12株三叶草根瘤菌和5株苜蓿根瘤菌尚待确定其系统发育地位，他们均具有各自独特的遗传类型图谱。所有供试未知菌株的遗传类型图谱没有与参比菌株IAM13129相同的。三叶草根四川农业大学硕士学位论文瘤菌遗传特性比首楷根瘤菌分化较大，特异性较强。综合来看分离自这两种宿主的根瘤菌具有极大的遗传多样性。数值分类分析结果和165 rDNA PCR一RFLP分析结果基本一致。 三种方法聚群结果中，都有某些菌株未与参比菌株聚群，可能为新的分类单元。三种结果均不同程度表现出即使与相同地域的同一种宿主植物共生的根瘤菌也具有较大表型及遗传多样性。 在上述结果一致的基础上，对TH62和WZ421两个菌株进行了165 rDNA全序列测定。菌株TH62与肋z’z0厂白j姗了日g姗Zno朋厂二模式菌株的序列形似性达到99.6%，菌株wZ421与Sz’n0r力1’zob了二二了了了otl模式菌株的序列相似性达到99.2%，说明他们所代表的群7和群8在发育关系上分别属于Rh了z口b丁二和sz’刀口助izob了二。