整体政府已成为西方政府改革中的一种趋势，是近年来行政学领域的热点专题，而交易成本理论是新制度经济学的基础，也是具有极强解释力的理论工具。以往对于交易成本的运用主要集中于企业领域，本研究将交易成本的视角引入到整体政府中跨部门协同的分析中来，对整体政府中跨部门协同的交易成本进行探索，分析了在行政组织特点影响下，整体政府中跨部门协同的交易成本特殊性和相对重要性，形成了有别于一般市场主体交易成本分析框架并适用于行政组织的框架特殊性。首先对整体政府做了概要性的介绍，进一步专门说明整体政府中的跨部门协同是平等主体之间横向协同的特点。在前一章对整体政府和其中跨部门协同介绍的基础上，进入跨部门协同的交易成本分析。对跨部门协同交易成本分析的基础做了说明，接下来总结了行政组织与交易成本分析相关的特点，结合行政组织的特点，对跨部门协同中的交易成本进行分析，并将交易成本分析框架中的基本内容分布于协同的三个阶段，分析了在行政组织特点影响下各交易成本的特殊性和相对重要性，并与一般市场主体协同中交易成本的相对重要性做了比较。在此分析基础上得出与一般市场主体分析中不同的框架特殊性。最后，结合我国目前行政实践中的跨部门协同案例，对其中体现的交易成本和交易成本对协同的影响进行了分析，对降低协同中交易成本的协同措施提出了构想，归纳了信息披露，学习及适应，政绩共享和增强三点措施。