进入21世纪,高科技突飞猛进、新技术日新月异、知识经济初现端倪。知识产权成为继人力、物力、财力三大经营资源后的第四大“经营资源”。知识产权的开发、保护、运营成为企业、区域,乃至国家在竞争中获得优势的关键因素,知识产权的数量和质量对于企业自身竞争力和自身发展而言是其重要的衡量指标。在目前,由于经济全球化不断的扩宽与加深,知识产权作为重要的非关税壁垒已逐渐成为企业参与国际竞争的重要影响因素。知识产权战略已成为企业成功进入国际市场提供支持和保障。由于医药企业对知识产权具有高度的依赖性,提高医药企业知识产权创造、运用、开发、保护的能力,是医药企业开拓国内外市场并取得市场优势的必然选择。本文以知识产权管理理论、企业战略管理理论、企业竞争力理论、系统工程理论等为理论基础,建立我国医药企业知识产权战略管理系统构建——运行机制分析——效果评价理论分析框架,应用系统工程的理论与方法,从知识产权开发、知识产权保护和知识产权运营三个方面构建医药企业知识产权战略管理系统、并进行深入分析;设计了医药企业知识产权战略管理系统运行机制,包括系统的动力机制、利益分配机制、协同机制、激励及约束机制;通过医药企业知识产权战略管理系统运行效果影响因素分析,从知识产权开发、知识产权保护和知识产权运营三个维度构建医药企业知识产权战略管理系统运行效果初选评价指标体系,运用群组决策特征根方法识别关键指标,构建医药企业知识产权战略管理系统运行效果评价指标体系;构建了基于DEA-Malmquist指数方法的医药企业知识产权战略管理系统运行效果评价模型,相对于现有静态与结果性研究,引入DEA-Malmquist指数方法对医药企业知识产权战略管理系统的运行效果进行动态评价,选择2005-2010年我国29个省级区域医药企业面板数据为样本从区域、整体的视角将黑龙江省与各个区域的医药企业知识产权战略管理系统运行的效果进行实证评价研究,并对实证结果进行深入的剖析。从完善知识产权法律法规,提高知识产权行政执法力度,完善知识产权配套政策,加强社会知识产权意识,加强知识产权管理部门的管理,促进国际间的交流合作,提高企业知识产权开发能力,提高企业知识产权保护的意识,加强知识产权运营能力的提升力度,提高知识产权制度化管理的能力,提升引进医药企业知识产权人员的力度等方面提出了提高我国医药企业知识产权战略管理的对策。